Начальником экспедиции и воеводой Даурской земли был назначен Афанасий Филиппович Пашков. Правнук выехавшего из Польши на русскую службу при Иване Грозном Григория Пашкевича, он в 1650–1655 годах служил воеводой в Енисейске. Ввиду грозившей войны с китайцами в полученном Пашковым из Сибирского приказа воеводском наказе ему среди прочего предписывалось поставить в Даурской земле, на устье реки Урки (притоке Амура), либо на Албазинском или на Гойгударовом городищах, новый острог. В остроге следовало возвести церковь во имя Вознесения Господня с двумя приделами, освящёнными в честь небесных покровителей наследника престола и царя — «Алексея митрополита да Алексея человека Божия». Для службы в этой церкви сибирскому архиепископу Симеону велено было послать к Пашкову из Тобольска двух попов и дьякона. В черновом отпуске грамоты царевича Алексея Алексеевича к сибирскому владыке от 20 августа 1655 года особо указывалось, что «к тем трем престолам указали есмя послати из Тобольска антимисы да черного попа и белого дьякона, Да с Лены послати протопопа Аввакума». Как видим, в Москве очень внимательно следили за всеми передвижениями опального протопопа.
Тем же днём датируется грамота на имя нового енисейского воеводы И.П. Акинфова, в которой приказывалось выдать протопопу Аввакуму, посылаемому с женой и детьми из Енисейска в Илимский острог, а оттуда через Ленский волок в Даурию, «государево жалованье» на 1655/56 год — 15 рублей денег, 15 четей муки ржаной и 2 чети с осьминою круп и толокна. Тогда же илимскому воеводе Б.Д. Оладьину была послана ещё одна грамота — о выдаче в Илимском остроге по три пуда соли «усть-кутской вари» чёрному попу и белому дьякону из Тобольска, а также протопопу Аввакуму. Кроме того, 30 июня 1656 года Аввакум наравне с другими участниками Даурской экспедиции получил денежное и хлебное жалованье на 1656/57 год, а 4 июля — ещё 6 пудов соли. Однако вскоре он лишился всех запасов продовольствия. В Первой челобитной царю Алексею Михайловичу Аввакум писал: «А что, государь, у меня было из Енисейска везено с собою в запас хлепца на предъидущая лета, и тот хлеб он, Афонасей, у меня отнял после кнутнова биения и продавал мне на платьишко мое и на книги свою рожь немолотую дорогою ценою, по два рубли пуд вещей и больши».
Официально Аввакум был послан «вместо белово попа из Енисейского острогу с ним, Афонасьем Пашковым», то есть должен был выполнять роль полкового священника и одновременно проповедника православия среди завоёванных туземных народов. В этой роли его видел и архиепископ Симеон, отправляя вместе с ним из Тобольска к Пашкову чёрного попа Сергия и белого дьякона Леонтия. Но оказавшись во власти «даурского зверя», Аввакум понял, что Пашков не только не даст ему служить литургию, но что