12 мая 1662 года сын боярский Иларион Борисович Толбузин, назначенный нерчинским воеводой вместо А.Ф. Пашкова, принял от последнего в Иргенском остроге остатки его полка. Толбузин привёз с собою также царскую грамоту, в которой Аввакуму велено было «ехать на Русь». Новый воевода принял у Пашкова три острога — Нерчинский (Верхшилкский), Телембинский и Иргенский. Во всех трёх острогах находилось в общей сложности всего 75 служилых людей и практически полностью отсутствовали съестные припасы. «Без малого 400 человек, умерших от голода и погибших в боях, — такова была цена Даурской экспедиции, продолжавшейся более 6 лет» (Шашков).
25 мая бывший даурский воевода, погрузившись на дощаники вместе со своим семейством и многочисленной челядью, отправился в Москву. «Он поехал, а меня не взял, — вспоминал Аввакум, — умышлял во уме своем: “хотя-де один и поедет, и ево-де убьют иноземцы”. Он в дощениках со оружием и с людьми плыл, а слышал я, едучи, от иноземцов: дрожали и боялись».
И бояться действительно было чего. Плавание по забайкальским рекам с небольшой охраной было в те времена делом весьма опасным. Так, Онуфрий Степанов в 1654 году сообщал с Амура, что «государеву ясачную казну послать стало нельзя, потому земля вся сколыбалась, драки стоят частые, с малыми людми послать стало невозможно, но чтобы с государевою казною иноземцы какого дурна не учинили…». А в 1662 году, когда ехали Пашков и Аввакум, началось крупное восстание сибирских племён.
Впоследствии в Москве Аввакуму и Пашкову суждено будет встретиться вновь. При возвращении в Москву отставленного воеводы и прощённого царём протопопа положение резко изменилось в пользу последнего. В одной из редакций аввакумовского «Жития» сообщается: «Царь мне ево головою выдал». Это вполне вероятно, если учесть, что царь ещё в 1658 году велел «отставить» Пашкова от воеводства за первое избиение Аввакума. Осуждённый Пашков пытался откупиться: «Давал мне на Москве и денег много, да я не взял». Наконец грозный воевода покорился: «Видит беду неминучюю, — прислал ко мне со слезами. Я к нему на двор пришел, и он пал предо мною, говорит: “Волен Бог, да ты и со мною”». Аввакум воспользовался данной им над своим обидчиком властью как истинный добрый пастырь. В своей челобитной к Алексею Михайловичу он писал о Пашкове: «Молю тебя, государя, о воеводе, которой был с нами в Даурах, Афонасей Пашков, — спаси ево душю, якож ты, государь веси. А время ему и пострищись, да же впредь не губит, на воеводствах живучи, християнства. Ей, государь, не помнит Бога: или поп, наш брат, или инок — всех равно губит и мучит, огнем жжет и погубляет»