Через месяц после «стязания со вселенскими», 17 июля 1667 года, Аввакуму, священнику Лазарю и соловецкому иноку Епифанию за их упорство вынесли окончательный приговор: Аввакума и Лазаря «паки… проклятию предаша», а Епифания — «проклятию предаша, и иночества обнажиша, и острищи повелеша, и осудиша отослати к грацкому суду». 20 июля узников перевели из Москвы в монастырь Николы на Угреше. Сюда приезжал к Аввакуму 22 июля стрелецкий голова Юрий Петрович Лутохин, управляющий царским имением в селе Измайлове, также доверенное лицо Алексея Михайловича. «Кое о чем много говорили», — скупо бросает Аввакум в основной редакции «Жития», а в другом месте добавляет: «Тут голову Юрья Лутохина ко мне опять царь присылал и за послание “спаси Бог” с поклоном большое сказал, и, благословения себе и царице и детям прося, молитце о себе приказал». Царь желал сохранять хорошее лицо при дурной игре. Протопоп Аввакум, всегда привыкший думать о людях лучше, чем они есть на самом деле, продолжал наивно верить в «доброго царя».
5 августа Аввакума, Лазаря и Епифания привезли в Москву на Никольское подворье, где их вновь допрашивали, на этот раз три архимандрита — владимирского Рождественского монастыря Филарет, новгородского Хутынского Иосиф и ярославского Спасского Сергий: «взяли у нас о правоверии еще сказки». Заключённым были заданы следующие вопросы: признают ли они Восточную Церковь истинно святою и православною, а таинства и богослужебные чины, в ней совершаемые, — истинными; признают ли царя Алексея Михайловича, вселенских патриархов, новопоставленного московского патриарха Иоасафа II и весь священный собор православными и пастырями и учителями всем христианам; считают ли они новоисправленные книги «святыми, честными и правыми» и что думают о Символе веры, о трегубой аллилуйе, о троеперстном сложении руки для крестного знамения, о четвероконечном кресте и о других «новоисправленных» обрядах? Судя по стилю, эти явно провокационные вопросы готовились не кем иным, как прилежным учеником иезуитов Паисием Лигаридом.
Отвечая на поставленные вопросы, Аввакум «подал писмо своей руки», в котором достаточно дипломатично старался обойти вопрос о вере царя, обвиняя в «церковном нестроении» Никона. Однако, учитывая, что инициатором церковной реформы был сам царь, ответ Аввакума звучал откровенно вызывающе: «Церковь православна, а догматы церковныя от Никона еретика бывшаго патриарха искажены новоизданными книгами — первым книгам, бывшим при пяти бывших патриархах во всем противны, в вечерни и в заутрени и в литоргии и во всей Божественной службе не согласуются. А государь наш царь и великий князь Алексей Михайлович, всея Великия и Малыя и Белыя России самодержец, православен, но токмо простою душею принял от Никона, мнимаго пастыря, внутренняго волка, книги, чая их православны, не разсмотря плевел еретических в книгах, внешних ради браней, понял тому веры, и впредь чаю по писанному: праведник аще падет, не разбиется, яко Господь подкрепляет руку его. А про патриархов слышал я от братий духовных, что у них в три погружения не крестятся, но обливаются по-римски, и крестов на себе не носят, и в сложении перст знаменующихся, слагая три персты, Христово вочеловечение отмещут, и сие есть все неправославно, но противно святей соборной и апостольской Церкви. А я держу православие бывшее и прежде Никона патриарха и книги держу письменныя и печатныя, изданныя от пяти патриархов: Иева и Ермогена, Филарета, Иоасафа и Иосифа московских и всея Русии, и выше их от митрополитов и архиепископов и епископов московских и всея Русии, и хощу собором бывшим при царе Иване Васильевиче прав быти, на немже был и Гурий наш казанский чудотворец, с сими книгами живу и умираю»