Вместе с тем ревностная пастырская деятельность Аввакума нажила ему не только множество духовных детей, но и немало врагов, негодовавших на его суровые обличения и строгие нравственные требования. Аввакум смело обличал недостатки и нравственную распущенность прихожан, невзирая на их богатство и знатность. «Нищим подати не хощет, — говорил Аввакум про одного своего прихожанина, — а что и подает, ино смеху достойно — денешку и полденешку или кусок корки сухие, а имеет тысящи сребра и злата и на псах ожерелки шелковые и кольца сребряные».
Первый конфликт в Лопатищах произошёл из-за обличения власть имущих. Местный начальник отнял у вдовы дочь, а когда Аввакум стал его умолять, чтобы он возвратил сиротину матери, начальник пришёл в ярость и, придя вместе со своими людьми к церкви, избил священника до полусмерти. Более получаса пролежал Аввакум без чувств. Наконец «Божиим мановением» пришёл в себя, и тогда устрашённый начальник «отступился девицы». Однако через некоторое время передумал и, «по наущению диаволю», вновь пришел в церковь. Он стал избивать Аввакума и волочить по земле за ноги прямо в священнических ризах. При этом обессиленный Аввакум даже не мог сопротивляться, а только творил Исусову молитву.
Этот случай для XVII века не был каким-то вопиющим исключением. По свидетельству Олеария, на Руси довольно-таки часто били священников, «так как обыкновенно это люди более пропившиеся и негодные, чем все остальные. Чтобы при этом пощадить святую шапочку (священническую скуфью. — К. К.), её сначала снимают, потом хорошенько колотят попа и снова аккуратно надевают ему шапку. Подобным делам потом не очень удивляются».
В другой раз (было это летом 1647 года) другой начальник — некто Иван Родионович — «рассвирепел» на Аввакума за то, что тот пел церковную службу «по уставу, не борзо», то есть не торопясь, прибежал к нему в дом и, избив, «у руки отгрыз персты, яко пес, зубами». «И егда наполнилась гортань ево крови, тогда руку мою испустил из зубов своих и, покиня меня, пошел в дом свой». Но этого ему показалось мало. Когда Аввакум с перевязанной рукой шёл в церковь служить вечерню, начальник снова напал на него «со двема малыми пищальми» и пытался застрелить. «И, близ меня быв, запалил из пистоли, и Божиею волею на полке порох пыхнул, а пищаль не стрелила. Он же бросил ея на землю и из другия паки запалил так же, — и та пищаль не стрелила. Аз же прилежно, идучи, молюсь Богу, единою рукою осенил ево и поклонился ему. Он меня лает, а ему рекл: “благодать во устнех твоих, Иван Родионович, да будет!”»