В послании к отцу Ионе Аввакум в соответствии со скитским уставом подробно пишет о том, какие молитвы можно произносить простому иноку или простолюдину, а какие не следует. «Простому иноку не подобает глаголати “Благословен Бог наш” и “Боже, ущедри ны”, но “За молитв святых отец наших”, таже Трисвятое, и прочая, и Канон за единоумершаго, таже панахида, и кадить кадилом; також поет и молебен, емуж хощет, говорит каноны со Евангелием, и кончает по Трисвятом тропарь, и 40 “Господи помилуй”, или 100, ектеней же не глаголет, но “Честнейшую” и “Слава и ныне, Господи, помилуй” 3, да молитвою и кончает».
Вместе с тем церковные правила позволяли мирянам в случае нужды совершать некоторые из таинств, в частности крещение и исповедь. В послании к сибирской братии протопоп Аввакум писал: «Есть бо сицева правила, — повелевают и простолюдину крестити, по нужди, и простому иноку. “Аще простой инок или простолюдин крестит, по нужде, болящяго, и умрет крещеный, благодать таковаго совершит, и будет крещен; аще ли оздравеет, да несут его в церковь, и довершит его священник, поставя в купель и молитвы вся глаголет и прочая по вышереченному”. Виждь, велено и простолюдину крестить по нужди: кольми же ныне из нужди наша нужда. Судихом бо и повелеваем о Святем Дусе самем православным крестити и молитвы говорить, а ко отступником осквернятися не ити. Есть и се писано: лучше не помолитися, нежели зле помолитися, умереть не причастяся, нежели сквернаго агньца приобщитися».
В переписке Аввакума с единомышленниками поднимались и обсуждались вопросы, которые впоследствии станут предметом самых ожесточённых споров в среде старообрядчества — в частности, вопрос о молении за царя и вопрос о браке. Аввакум решал эти вопросы со свойственной ему взвешенностью и жизненной мудростью, руководствуясь при этом церковными правилами. Так, в послании к отцу Ионе по поводу молитвы за царя Аввакум пишет:
«А иже в тропаре Кресту: “ Победы благоверному царю даруй на сопротивныя”, и о сем суетное словопрение: которой благоверен, о том Церковь и молит, а которой зловерен, тому и ничево.
А молитися и о зловерном надобно; Златоуст повелевает и в Беседах Апостольских и в Маргарите на июдея в Слове; молитися о обращении и всех никониян, — не согрешишь. Я бы хотел и дияволу в чувство прити, да не может старая мерзость быти нова; а никонияня братия наша были, и украл их тать диявол. Проси Бога, да отъимет у него плоть и душу одушевленную и сочетает ко Святей Церкви Своей. Егда ж умрет в нечестии, тогда не стужати о нем Божеству, пускай ево к чертям пойдет; а о живых молись и уповай, яко силен Бог всех спасти.