Никита рано потерял мать и много претерпел от злой мачехи. Научившись грамоте, мальчик тайно ушёл из дому в Макарьев Желтоводский монастырь, где продолжил своё обучение и со временем был принят на клирос как «умеющий грамоте и обладающий звучным гласом». В это время произошла одна встреча, оставившая заметный след в его жизни.
«И некогда случися Никите идти в другий монастырь с двумя клириками и случися на пути обнощевати у некоего татарина, ремеством колдуна, подобнаго преждеописанному шаману, такожде и сему умевшему предсказывать будущее, волхвуя скверною своею бесовскою книгою и палицею. Татарин предсказал Никите быть государем великим, но Никита, хотя и не поверил словам татарина, но крепко запала сия мысль в его настойчивом характере».
Отец, узнав о месте пребывания Никиты, хитростью вызвал его из монастыря в родной дом. Через некоторое время отец умер, а Никита женился и в 1625 году был рукоположён в священники церкви одного из соседних сёл. Здесь он пробыл совсем недолго и вскоре переселился в Москву, куда его пригласили на место священника приезжавшие на Макарьевскую ярмарку московские купцы. В Москве Никита пробыл около десяти лет.
Смерть в малолетстве всех трёх детей священника Никиты сильно потрясла его и была принята им за указание Свыше. В 1630 году он принудил свою жену согласиться принять иночество и уйти в девичий Алексеевский монастырь в Москве, а сам ушёл на Белое море. Согласно официальной версии, он принял монашество с именем Никона в Анзерском скиту, руководимом суровым отшельником преподобным Елеазаром Анзерским. Однако епископ Александр Вятский в своем «Обличении» на патриарха Никона (1662) излагает иную версию начального периода его служения: «Еще бо в царствующем граде Москве белцем быв, священноиноческую благословенную грамоту взял, оболгав преосвященнаго Аффония, митрополита Новгородскаго, и Никона себе нарек преже пострижения своею волею. И едучи во Анзерскую пустынь, на Вологде, на паперти церковней ильинъским игуменом Павлом пострижен, а не в церкви. И приедучи в пустыню, абие священноиноческая действовал, а под началом не бывал. Аще всю жизнь ево кто известно ведал и преже проклятия чести и власти вправду бы рек, яко и на праг церковный несть достоин взяти».
Преподобный Елеазар (ум. 1656), в обитель которого прибыл будущий патриарх всея Руси, в 1612 году с благословения игумена удалился из Соловецкого монастыря на безлюдный Анзерский остров и поселился на горе Голгофе близ озера Круглого, пребывая в постоянной молитве и богомыслии. Со временем молва о подвижнике распространилась по всему Поморью, и к нему начали стекаться желающие подвизаться в безмолвии и уединении. Всех приходящих преподобный Елеазар принимал с кротостью и любовью и не запрещал им селиться подле себя. Господь наделил Своего угодника даром прозрения и чудотворения. Царь Михаил Феодорович, сильно скорбевший, что не имеет наследника, узнав о подвижнической жизни святого, вызвал его в Москву, надеясь получить помощь по его молитвам. Преподобный Елеазар утешил царя и предрёк ему рождение сына. По исполнении этого предсказания в 1629 году царь щедро одарил преподобного и помог начать на острове строительство каменного храма во имя Пресвятой Троицы.