Прибыв на остров Анзер, новопостриженный священноинок Никон становится одним из двенадцати учеников преподобного Елеазара. Вместе с анзерским игуменом он ездил в Москву за «милостыней», предназначавшейся для постройки каменного храма на Анзере, занимался перепиской книг. Однако вскоре после поездки между Никоном и преподобным Елеазаром возникли трения. «С сего времени нача Никон самовольно входити в хозяйственныя управления скитскими делами, якобы приобретох на сие некую власть за участие в сборе пожертвований. По неколицем же времени нача нечто изменяти в церковной службе, и с старшими клириками нача спиратися, и нача приводити старца Елиазара в немалое сомнение. И некогда Елиазару во время божественной службы, егда же Никону чтущу божественную литургию, виде Елиазар около выи (шеи. — К.К.) Никона змия черна и зело велика оплетшеся, и вельми ужасеся, и глаголяше отай братии: “О, какова смутителя и мятежника Россия в себе питает. Сей убо смутит тоя пределы и многих трясений и бед наполнит”. И прирече: “Аще бы кто убил сего чернца, то умолил бы аз за того Бога”. И с сего времени начаша Елиазар и вси братия не любити Никона и не допускати его до чтения и пения в божественной службе».
Как видим, приняв иночество, Никон не особенно стремился к затворничеству и иноческому деланию. Его амбициозная натура требовала власти. В 1634 году, видимо, из-за очередных столкновений с братией Анзерского скита, он вынужден был покинуть остров, бежав на рыбацкой лодке. Буря, разыгравшаяся на море, прибила лодку к каменистому Кий-острову, около устья реки Онеги. Здесь в честь своего спасения Никон поставил крест, а позже основал монастырь, названный Крестным. Затем он перешёл на жительство в Кожеозёрский монастырь (в Каргопольских пределах), также находившийся на уединённом острове. Здесь он был в 1643 году выбран в игумены немногочисленной братией монастыря.
В 1646 году Никон отправился в Москву по делам монастыря и, согласно обычаю, явился с поклоном к молодому царю Алексею Михайловичу. Кожеозёрский игумен сумел уловить сокровенные мысли, занимавшие царя Алексея Михайловича и его ближайшее окружение, и вскоре сделал головокружительную карьеру. Представленный царю, он произвёл на него столь благоприятное впечатление, что тут же получил сан архимандрита московского Новоспасского монастыря, в котором находилась родовая усыпальница Романовых. Именно в этот период Никон сблизился с кружком ревнителей древлецерковного благочестия. Царь часто ездил в Новоспасский монастырь молиться за упокой своих предков и потому ещё более сблизился с Никоном, которому приказал ездить к нему во дворец на беседы каждую пятницу.