.
Отправляя Никона на Новгородскую митрополию, царь поручил ему наблюдать не только за духовным, но и за мирским управлением, доносить ему обо всём и давать советы. Результат не замедлил себя ждать: 1 марта 1650 года в Пскове и Новгороде начались народные волнения, переросшие к 15 марта в открытое восстание. Поводом для волнений явился резкий подъём цен на хлеб, вызванный тем, что купец Фёдор Емельянов по поручению правительства произвёл закупки хлеба по высоким ценам для передачи Швеции — в качестве компенсации за уход населения с отошедших к шведам русских земель. 17 марта, в день царских именин, Никон предал проклятию главу восставших новгородцев Ивана Жеглова и всех восставших и укрыл у себя воеводу князя Ф.А. Хилкова, за что был восставшими нещадно избит.
События в Великом Новгороде ещё более расположили царя к Никону. Получив взаимные жалобы митрополита и новгородцев, Алексей Михайлович принял сторону Никона, которого называл в своих письмах не иначе как «великим Солнцем сияющим», «избранным крепкостоятельным пастырем», «возлюбленником своим и содружебником». При этом, прекрасно понимая, что строгостью нельзя добиться прекращения мятежа, Никон сам советовал царю простить виновных.
* * *
В 1647 году к кружку ревнителей благочестия наконец примкнул и сам царь Алексей Михайлович, что придало кружку невиданную до того силу. Под влиянием боголюбцев царь издал ряд указов, направленных на исправление нравов. В марте 1647 года вышел указ, запрещавший православным работать в воскресные и праздничные дни, которые предназначались для молитвы и пребывания в церкви. В декабре следующего, 1648 года по городам была разослана грамота, в которой говорилось о том, что православные христиане к «церквам Божиим не ходят и умножилось в людех во всяких пьянство и всякое мятежное бесовское действо, глумления и скоморошество со всякими бесовскими играми и от тех сатанинских учеников в православных крестьянех учинилось многое неистовство». Осуждались также азартные игры — зернь, карты, а заодно и шахматы.
Вместе с тем, заручившись царской поддержкой, боголюбцы во главе со Стефаном Внифантьевым повели решительную борьбу за исправление церковных чинов и обрядов. На этой почве они столкнулись с патриархом Иосифом. Подобное столкновение было неизбежным, поскольку «в выступлениях против непорядков церкви и нравственного упадка духовенства постоянно сказываются антииерархические, противоепископские настроения низшего духовенства. Правда, эти обвинители епископата всегда говорят на конкретные темы и никогда не сомневаются в канонической необходимости епископов как носителей церковной преемственности. Редко встречаются обвинения епископов в личной недостойной жизни, но в этой критике всё сильнее звучат голоса, обвиняющие иерархов в ответственности за церковный упадок, указывая, что все члены церкви имеют право и даже обязаны следить за положением церкви на Руси»