. Никон запретил в Новгородской епархии распространённое в Русской Церкви «многогласие» и начал борьбу с древним, так называемым хомовым пением. Вместо древнего унисонного пения он завёл в Новгороде партесное — по западному образцу. Впоследствии Никон перенёс это пение и в Москву, выписав польских певцов, певших «согласием органным», а для своего хора — композиции знаменитого в своё время директора капеллы рорантистов в Кракове — Мартина Мильчевского. Царь Алексей Михайлович, услышав певчих митрополита Никона, с которыми тот приезжал в Москву, тотчас завёл такое пение и в своей придворной церкви. Как некогда принятию православия на Руси при великом князе Владимире предшествовало эстетическое впечатление от «ангелоподобного» древневизантийского пения, так и никоновскую «псевдоморфозу» православия предваряло увлечение пением, только уже пением западным, католическим.
«И законы и уставы у них латинские, руками машут и главами кивают и ногами топочут, как де обыкли у латинников по органом», — скажет впоследствии о подобном пении протопоп Аввакум.
Подражая духовному лидеру кружка боголюбцев Иоанну Неронову, который «изношаше от сокровищ сердца своего, яже положи в нем Дух Святый, умудрив сеяти семя учения Господня во всем народе несумненно», Никон стал произносить устные проповеди перед своей паствой. Основательно забытая к концу XVI — началу XVII века на Руси, устная проповедь воспринималась в то время как несомненное «новшество».
Так и не сумев завоевать любовь новгородцев, Никон пытался прибегать к популистским мерам: на испрашиваемые у царя средства устраивал богадельни, во время голода организовывал раздачу пищи бедным. «В окно из палаты нищим деньги бросает, едучи по пути нищим золотые мечет! — вспоминал Аввакум. — А мир-от слепой хвалит: государь такой-сякой, миленькой, не бывал такой от веку!» Но и это не помогало: подначальные духовные люди невзлюбили Никона за его чрезмерную строгость и взыскательность, миряне же не питали к нему расположения за его крутой властолюбивый нрав. Особенно требователен он был к окружавшим его людям. Характерен отзыв дворянина Василия Отяева о Никоне: «Лутче бы, де, нам на Новой Земле за Сибирью с князь Иваном Ивановичем Лобановым пропасть, нежели, де, с Новгородским митрополитом, как, де, так, что силою заставливает говеть, никого, де, силою не заставить Богу веровать».
Отправляя Никона на Новгородскую митрополию, царь поручил ему наблюдать не только за духовным, но и за мирским управлением, доносить ему обо всём и давать советы. Результат не замедлил себя ждать: 1 марта 1650 года в Пскове и Новгороде начались народные волнения, переросшие к 15 марта в открытое восстание. Поводом для волнений явился резкий подъём цен на хлеб, вызванный тем, что купец Фёдор Емельянов по поручению правительства произвёл закупки хлеба по высоким ценам для передачи Швеции — в качестве компенсации за уход населения с отошедших к шведам русских земель. 17 марта, в день царских именин, Никон предал проклятию главу восставших новгородцев Ивана Жеглова и всех восставших и укрыл у себя воеводу князя Ф.А. Хилкова, за что был восставшими нещадно избит.