Дело в том, что в X веке, когда на Руси было принято христианство, в Византийской империи существовало два богослужебных устава: Студийский и Иерусалимский, связанный с именем преподобного Саввы Освященного. В Константинополе и на западе империи сначала получил распространение Студийский устав, который и перешёл на Русь. Однако к началу XIV века у греков он был повсеместно вытеснен наиболее распространённым на востоке империи Иерусалимским уставом. В конце XIV — начале XV века московские митрополиты Фотий и Киприан (первый — из греков, второй — болгарин греческой школы) стали вводить в России Иерусалимский устав, однако так и не успели довести свою реформу до конца. По этой причине в русском богослужебном уставе осталось много древних, более архаических особенностей Студийского устава. К сожалению, история перемены уставов была основательно забыта и греками, и русскими, а потому греки начали считать древние черты русского церковного устава новшествами, чуть ли не граничащими с ересью, хотя русские богослужебные книги вполне соответствовали греческим книгам X–XI веков.
Другой причиной никоно-алексеевской реформы, а точнее, ещё одним звеном в «греческом проекте», явилось то, что после воссоединения Украины с Россией (1654) возникла необходимость в создании единой нормы богослужения и богослужебного языка (южнорусский, киевский извод славянского языка значительно отличался от московского извода). Прочность политического союза между Великой и Малой Русью должна была быть подкреплена церковно-обрядовым единством двух частей Русской Церкви, которые в ходе истории были разделены. Однако грекофильская ориентация царя и патриарха привела Русскую Церковь к принятию не московской нормы богослужения (наиболее близкой к ранневизантийской), а южнорусской, в большей степени соответствовавшей греческим текстам и традициям XVII века. Здесь следует напомнить, что на Украине реформа, аналогичная никоновской, была проведена на 50 лет ранее киевским митрополитом Петром Могилой и привела к тому, что киевское богословие и богослужение оказались сильно заражены католическим влиянием. О деятельности Петра Могилы хорошо написал известный русский богослов Г.Флоровский: «Всё пронизано чуждым латинским духом… Это была острая романизация Православия, латинская псевдоморфоза Православия. На опустевшем месте строится латинская и латинствующая школа, и латинизации подвергается не только обряд и язык, но и богословие, и мировоззрение, и самая религиозная психология. Латинизируется самая душа народа. Эта внутренняя интоксикация религиозным латинизмом, этот “крипто-романизм” был вряд ли не опаснее самой унии… В следующем поколении латинское влияние становится ещё глубже, латинские связи и навыки крепнут… Усваивались и перенимались не только отдельные схоластические мнения или взгляды, но и самая психология и душевный строй… От украинского барокко идёт в “малороссийском” религиозном воззрении эта характерная эмоциональная нетрезвость, мечтательная возбудимость, какая-то своеобразная религиозная романтика… Это была псевдоморфоза религиозного сознания, псевдоморфоза православной мысли»