Левада перебрался в Сан-Франциско в 1995 году. После скандала 2002 года ему пришлось покопаться в грязи и отчасти навести порядок. Среди клириков, которых он отстранил от служения из-за сексуальных преступлений, были капеллан футбольной команды «Сан-Франциско фортинайнерс», бывший глава Католического милосердия, настоятель собора, глава богослужебного отдела, капеллан полицейского управления и бывший декан семинарии, который по Интернету искал сексуальных партнеров из числа тинейджеров.
Левада был уникален среди американских епископов из-за того, что на него подал в суд священник, который поднял тревогу по поводу интереса одного из клириков к мальчикам.
Джон Конли, родившийся в 1944 году, был помощником федерального прокурора в Мичигане. В конце 1980-х он решил стать священником. Убежав от тягостной зимы Среднего Запада, Конли переехал в Сан-Франциско, окончил семинарию и принял рукоположение. Однажды вечером 1997 года он вошел в приходской дом и увидел, что настоятель, при котором он был помощником, пытается незаметно выскользнуть через черный ход. Смущенный четырнадцатилетний подросток, съежившись, возвращался на свой пост, где он должен был отвечать на телефонные звонки. Решив, что мальчик от стыда может не сознаться в произошедшем, Конли поговорил об этом с викарным епископом, который сказал: «В таких случаях мы обычно не выносим сора из избы». Когда Левады не было в городе, Конли решил поставить в известность окружную прокуратуру Сан-Матео. Испуганный подросток сказал следователям, что они с отцом Эйлвордом просто занимались борьбой. Обвинение не было выдвинуто.
Конли сказал священнику, заведовавшему канцелярией, что не может жить с педофилом и переезжает в отель. Тот ответил, что не следует употреблять слово «педофил» и не надо никому рассказывать об инциденте. Юноша оставил свою работу в приходском доме. Конли встретился с его родителями. Его мать со слезами говорила, что не может силой вынудить сына давать показания против Эйлворда и рассказывать, как священник его домогался. Когда Конли встретился с архиепископом Левадой и монсеньором из канцелярии, он понял, что архидиоцезия всеми силами старается защитить Эйлворда.
В 2005 году я брал интервью у Конли по заданию одного журнала, и он сказал, что Левада называет «клеветой» обвинения против Эйлворда. На тогдашней встрече монсеньор делал заметки; Конли включил диктофон, опасаясь, что из него сделают козла отпущения. «Вы мне не доверяете?» – спросил Левада. Он велел Конли прекратить запись, тот отказался. Левада предложил ему взять оплачиваемый отпуск и заметил: «Поразмышляйте о послушании».