Кромешная темнота скрывала суету сотен людей на кораблях и в городе. Корабли принимали снаряды, торпеды и другие припасы. Артиллеристы береговых батарей и зенитчики готовили орудия к открытию огня боевыми снарядами. К 3:00 о переходе в полную готовность доложил 61-й зенитный полк, четыре дивизиона береговой обороны и одна из эскадрилий 32-го истребительного авиаполка. Хотя прошло уже больше часа с момента объявления «большого сбора», готовность большинства кораблей запаздывала.
Времени на размышления уже не оставалось. К Севастополю подходили бомбардировщики «Хей-нкель-111» из состава II группы 4-й бомбардировочной эскадры Люфтваффе. Их было меньше десятка, от пяти до девяти, по разным данным. Некоторые самолеты из-за затемнения цели просто не нашли. Разумеется, выделенных для удара по Севастополю сил немецкой авиации было недостаточно для погрома, подобного устроенному 7 декабря 1941 г. в Перл-Харборе даже с учетом разницы в размерах флотов. У немецких ВВС в тот момент были куда более важные задачи на сухопутном фронте, и пытаться уничтожить советские корабли было бы просто безумием. Советский ВМФ был все же куда менее опасен, чем многочисленные самолеты приграничных округов. Немецкое командование поставило перед летчиками задачу напугать противника, а не нанести уже первым ударом непоправимый ущерб. Вместо бомб «Хейнкели» несли мины, которые нужно было сбросить на выходе из Северной бухты. Для усиления психологического эффекта использовались парашютные мины LMB, а не беспарашютные ВМ-1000. Т.е мины сбрасывались так, чтобы их видели. Расчет, что их увидят, оправдался: от постов СНиС поступило множество сообщений о парашютистах. Затемнение существенно дезориентировало немецких пилотов, и две мины были сброшены на сушу. В 3:48 и 3:52 они самоликвидировались. Среди жителей города появились первые жертвы.
О том, что на город и гавань были сброшены мины, а не парашютисты или бомбы, в штабе флота догадались очень быстро. Уже в 4:35 командующий флотом Ф.С. Октябрьский приказал провести траление в бухтах и на выходном фарватере. Однако результат был разочаровывающим и даже пугающим: никаких мин обнаружено не было. Дело в том, что траление проводилось в расчете на обнаружение обычных якорных контактных мин, а немцами были сброшены неконтактные магнитные мины. Они взрывались под воздействием магнитного поля корабля. Более того, мины оснащались приборами срочности и кратности, т. е. могли взводиться не сразу, а через несколько суток и сработать не под первым кораблем, который над ними проплывал. Хуже всего было то, что у советского флота в первые дни войны просто не было тралов, способных бороться с новейшими минами противника. Первая трагедия произошла уже 22 июня. В 20:30 в Карантинной бухте подорвался и затонул буксир СП-12, прибывший туда в поисках якобы сбитого зенитчиками самолета. Из состава экипажа буксира погибли 26 человек, а спаслись всего 5. Подарок в лице упавшей на сушу, но невзорвавшейся мины попал в руки советских специалистов 24 июня. Тогда последние сомнения относительно типа примененных противником мин рассеялись.