В свое время ему приходилось слышать нарекания за широкое отношение к чужеродцам и иноверцам. Доживи он до наших дней - вероятно, эти нарекания обратились бы в ожесточенные упреки, но они по отношению к Пирогову были бы лишены всякого основания. В его любви к России, в желании ей блага, в его понимании русского человека и горячем служении его интересам, нуждам и недугам - невозможно сомневаться. Вся его деятельность являла собою не только нравоучительный пример заботы, но и "святого беспокойства" о судьбе русского человека. Последние страницы его дневника служат ярким выражением скорбей, тревог и упований истинного патриота. Но он был чужд узкой нетерпимости, которая не хочет видеть и признавать чьих-либо достоинств и прав вне своего племени и вся ощетинивается при слове "чужой". Ясному уму и широкому сердцу Пирогова был несвойствен тот взгляд, который наглядно выражен в одном из старых русских изображений страшного суда, где по бокам извивающегося змия ангелы ведут праведников в рай, бесы же тащат свою добычу в геенну, а внизу изображены в отдельных клеточках терзающиеся в пламени грешники, причем над каждой клеткой надписан и грех, повлекший за собою вечную кару: "прелюбодей" надписано над одной, "клеветник" - над другой, "чревоугодник" и так далее до последней, над которой надписано "немец".
Отсутствие рутины во взглядах Пирогова и слишком резкое отступление его от обычного типа попечителей вызвало трения, разногласия и столкновения - и Пирогов был представлен как беспокойный и несоответствующий той в высшей степени неопределенной вещи, которую было принято называть "видами правительства". Ему было предложено быть членом совета министра народного просвещения, т. е. одним из членов безвластной коллегии. Но позолоченные пилюли не входили в число медикаментов, допускаемых Пироговым, сказавшим в одном из своих трудов, что виляние, нерешительность и неоткровенность непременно приводят человека к пагубному разладу с самим собою, к несогласию действий с убеждениями, к упрекам совести и к нравственному самоубийству. Он решил остаться на своем посту ждать своего увольнения в отставку. Вот что писал он баронессе Раден 26 ноября 1860 г. в письме, еще нигде не напечатанном:
"Глубокоуважаемый друг мой!
Наконец осуществилось то, что я предчувствовал в течение пяти лет. Министр народного просвещения дал мне знать, что сильная интрига очернила меня и что он не уверен в том, что ему удастся защитить меня и мой образ действий... Мне советуют принять другое предлагае мое мне назначение и немедленно редактировать в этом смысле мое прошение об отставке, чего я, конечно, не сделаю. Зачем я стану упорствовать в моих попытках быть полезным отечеству моею службою. Разве они не убедили меня в том, что во мне не хватает чего-то, чем необходимо обладать, чтобы быть приятным и казаться полезным, Правда, средства мои не блестящи, тем не менее я настолько доверяю своим силам и уповаю на милость бога, что надеюсь не умереть с голоду и довести воспитание своих детей до конца. Чего нам, людям, еще нужно?