Удалившись в частную жизнь, Пирогов не опустил рук и осуществил высказанную им однажды мысль: "Кто умеет вовремя привыкнуть и отвыкнуть, тот постиг жизнь" [27]. Для него постигнутая им жизнь была непрестанным трудом в саду и поле, в кабинете и библиотеке. Когда раздался благовест освобождения крестьян, он возымел намерение сделаться мировым посредником и стал изучать Положение 19 февраля. Но ему предстояло другое. К нему можно было обратить слова поэта: "Иные ждут тебя страданья, других восторгов глубина" [28]. Когда из-за стены условностей, формальностей и чиноначалия, преграждавшей ему путь, его звал властный голос жизни, он твердо отвечал: "Я здесь!" и бескорыстно шел на службу человечеству. Так откликнулся он на призыв министра народного просвещения Головнина, благородного Друга и сподвижника великого князя Константина Николаевича в реформах шестидесятых годов, и, переселившись в Лейпциг, стал руководителем молодых русских ученых, оставляемых при университетах и отправляемых в заграничные командировки для усовершенствования. В этой высокой и нравственно плодотворной роли он пробыл до половины 1866 года.
Провидение охранило жизнь царя-освободителя от преступного выстрела Каракозова, и каждый, переживший это время, конечно, помнит тот искренний и единодушный восторг, которым была встречена весть о его спасении. Эта радость, объединившая народ и широкие круги общества в одном чувстве, не помешала, однако, к сожалению, близоруким людям, стоявшим в сфере власти, положить на одну чашу политических весов ярко выраженные чувства всего народа, а на другую маленькую группу людей, желавших, в самонадеянном ослеплении, повернуть ход истории по-своему. Давши перевес второй чаше, как показателю нового необходимого направления внутренней политики, они остановили органическое развитие реформ государя и стремились вызвать в его душе сомнения в том, что он осуществлял с таким великодушным доверием к своему народу. Им удалось заменить Головнина новым министром, деятельность которого наложила отпечаток своей узкой односторонности на многие годы русского просвещения.
Одной из первых жертв нового курса был Пирогов [29]. Эра лишенного внутреннего содержания, формального и механического классицизма, бесплодно обращенного в политическое орудие, началась, между прочим, с признания руководительных трудов Пирогова совершенно ненужными. Ему было объявлено без всяких мотивов, что он освобожден от исполнения своих обязанностей. Отставленный от русского просвещения и оскорбленный в душе, Пирогов с достоинством внешнего спокойствия удалился в деревню.