Настоящие донские казаки тоже в эту кашу иногда совались. Но после похода царевича Дмитрия, которого посадили они на Москве царем и который оказался Гришкою-расстригою, войско больше на Дону по городкам сидело. Каждый новый царь им жалованье посылал – откупался, чтоб они в эту сумятицу не вмешивались.
Вскоре в Москве бояре организовали заговор против Лже-дмитрия. Горожане же были недовольны тем, что новый царь приблизил к себе поляков. Произошло восстание. Лжедмитрия убили. Новым царем провозгласили знатного боярина Василия Ивановича Шуйского.
Сразу после избрания царем Василия Шуйского в южном городе Путивле началось восстание, поскольку население южных окраин отказывалось верить в гибель Лжедмитрия I. Возглавил восстание Иван Исаевич Болотников, бывший военный холоп князя Телятевского, сбежавший в свое время на Дон к казакам, побывавший в турецком плену и освобожденный оттуда венецианцами. Теперь он объявил себя воеводой «чудесно спасшегося Дмитрия».
Донские казаки активно участвовали в этом восстании. Они были во всех сражениях с войсками Василия Шуйского, в осаде Москвы и в сражении у стен города 2 декабря 1606 г., которое окончилось поражением повстанцев. После этого Болотников отошел к Калуге, а затем к Туле. Но правительство сумело сосредоточить у Тулы значительные силы. Осенью 1607 г. царские войска затопили город и восставшие сдались. Многие попавшие в плен казаки были перебиты. Болотникова ослепили, а затем утопили.
Пока войска Болотникова сидели в осаде, некоторые казачьи атаманы отправились в западные пределы страны, на польскую границу, где вместе с польскими и белорусскими дворянами провозгласили царем нового самозванца, известного позже как Лжедмитрий II.
Сначала Лжедмитрий II опирался на польскую шляхту, но вскоре на помощь ему пришел большой отряд донских казаков атамана Ивана Мартиновича Заруцкого. Сам Заруцкий был мещанин из Тарнополя, попавший в плен к туркам и освобожденный донскими казаками. Теперь он был избран донцами атаманом.
Летом 1607 года Лжедмитрий двинулся в поход. В 1608 году он стал под Москвой лагерем с селе Тушино. За это его прозвали Тушинским вором. Многие бояре перебегали к Лжедмитрию II и составили при нем целый двор. И.М. Заруцкий тоже получил боярский чин и командовал всеми казаками. В правительстве Лжедмитрия II он был единственным казаком.
Но казаки не только сражались с войсками Василий Шуйского. Не имея нормального снабжения, они грабили население. Многие шайки разбойников примкнули к Лжедмитрию и тоже объявили себя казаками.