Успехи были бы еще более впечатляющими, если бы не вспыхнуло в России восстание под предводительством Пугачева, заставившее поскорее завершить войну с турками.
В 1771–1772 годах начались волнения в Яицком казачьем войске из-за наступления царской власти на казачьи права и привилегии. Но настоящий бунт начался, когда на Яике появился штрафованный и беглый донской казак Емельян Иванович Пугачев. До этого Пугачев участвовал в войне с турками и был заслуженно награжден чином хорунжего. Пугачев выдавал себя за чудом спасшегося императора Петра III. 15 сентября 1773 года вспыхнуло восстание яицких казаков, к которому присоединились башкиры. Восстание распространилось на все Поволжье и разрослось в целую крестьянскую войну. Пугачев даже взял Казань. Однако вскоре в сражениях с регулярными войсками Пугачев был разбит и стал отступать вниз по Волге, надеясь, что донские казаки присоединятся к нему.
Вступив на донскую землю, передовые отряды Пугачева, состоявшие из беглых, бродяг и разного рода разбойников, стали грабить донские станицы. Донские казаки в это время в большинстве своем воевали против турок, а оставшиеся были подняты старшинами «гонять самозванца Пугача». Донские старшины Луковкин и Иловайский выбили пугачевцев из донских станиц и вместе с регулярными войсками преследовали их.
Разбитый Пугачев бежал за Волгу, но был схвачен верхушкой яицких казаков из числа своих недавних сподвижников и выдан царскому правительству. В Москве Пугачева казнили.
Донские казаки в 70-е гг. ХVIII в. – 60-е гг. ХIХ в. Отечественная война 1812 года
После крестьянской войны 1773–1775 гг. правительство обратило внимание на положение казачьих окраин России, которые притягивали беглых крестьян. Правительство расправилось с яицким и запорожским казачеством. Но донское казачество было сохранено. Во-первых, донцы количественно превосходили в это время и яицких казаков, и запорожцев. Во-вторых, правительство крайне нуждалось в донцах, оно понимало пользу от пограничной и внутренней службы донских казаков. В-третьих, донское казачество превращалось в замкнутое привилегированное сословие. В-четвертых, донцы доказали свою верность во время разгрома Запорожской Сечи, учиненной генералом Текели (сербом на русской службе), – три донских полка участвовали в этой операции и в качестве трофея, по преданию, привезли на Дон и повесили в Черкасском войсковом соборе паникадило (люстру) из войсковой церкви запорожских казаков.
В то же время Войско Донское было одним из главных очагов ряда восстаний, родиной С. Разина и Е. Пугачева.