Военное командование тоже не особо считалось с донскими казаками. Командовавший на Кавказе генерал Гудович своей волей оставил три отслуживших свой срок донских полка на Линии, чтоб они стали здесь постоянными переселенцами и «выписали» с Дона свои семьи на Кавказ.
Рядовые казаки тоже не привыкли терпеть глумление и издевательства. Все три полка явились в Черкасск и потребовали у донского гражданского правительства объяснений. Войсковое правительство не могло предотвратить начавшихся на этой основе в 1792 г. крупных волнений донских казаков, и из Петербурга был прислан приказ направить на Дон около 10 тыс. солдат регулярной армии для устрашения.
В Манифесте от 6 июля 1797 г. новый император Павел I объявил, что готов сохранить в целом «все прежде бывшие постановления Войска Донского» и похоронить все перемены в жизни казачества, сделанные по воле Потемкина. Было ликвидировано Войсковое гражданское правительство и восстановлена Войсковая канцелярия.
Очередная война с турками породила новых героев. Еще до войны, готовя театр военных действий, донские казаки помогали выселять за Волгу ногайскую орду, но орда взбунтовалась, и донцы под командованием А.В. Суворова орду разгромили и практически истребили. Когда началась война, большинство донских казаков составили основу Кубанского корпуса (27 донских казачьих полков), они должны были нанести удар на Анапу против турок и черкесов. Несколько полков были приданы Екатеринославской и Украинской армиям, чтобы действовать на Украине и на Дунае.
Три казачьих полка – В.П. Орлова, И.И. Исаева и П.Д. Иловайского под командованием А.В. Суворова участвовали в обороне Кинбурна.
Донские казаки принимали участие и в штурме крепости Очаков 6 декабря 1788 г. Героем летней кампании 1789 г. был М.И. Платов, который из донских казаков и местных жителей сформировал новое войско – Екатеринославское (или Новодонское) казачье.
Платов громил турок при Каушанах. Донские казаки во главе с атаманом М.И. Платовым участвовали в штурме крепостей Паланка, Аккерман, Исакча и др., где были взяты огромные трофеи.
В конце 1790 г. русские войска вышли к Дунаю и остановились у крепости Измаил, которую оборонял 40-тысячный гарнизон при 200 орудиях. Русский осадный корпус состоял из 35 тыс. человек, в том числе – 11 тыс. конницы и 12 тыс. казаков.
Руководить войсками под Измаилом Потемкин прислал А.В. Суворова. Суворов решился на штурм Измаила. Части были разделены на девять штурмующих колонн, четвертую и пятую колонны составили казаки. Шесть колонн должны были идти с суши, три – со стороны Дуная. Суворов после взятия крепости говорил, что «на такой штурм можно решиться один раз в жизни».