Ю.Ковальчук и А.Фурсенко покинули свои должности в руководстве ФТИ.
С февраля 1991 г. – заместитель председателя правления Ассоциации совместных предприятий Санкт-Петербурга (бывш. ЛенАСП; председатель правления – Владимир Коловай; гендиректор – сначала Геннадий Володченко, затем Владимир Кожин).
В сентябре 1991 года основал и возглавил АОЗТ «Центр перспективных технологий и разработок».
С конца 1991 г. – соучредитель (вместе с бывшим начальником иностранного отдела ФТИ им. Иоффе Владимиром Якуниным) и президент ЗАО «Корпорация «Стрим» (первонач. название, до осени 1992 – АОЗТ НПП «Кварк»; зарегистр. 13.02.1992).
В конце 1991 года вместе с В.Якуниным реанимировал закрытый после августовской попытки государственного переворота ГКЧП обкомовско-чекистский банк «Россия».
На 1994 г. АОЗТ «Кварк» имел 18,27 % в уставном капитале банка «Россия».
В 1995 году входил в состав городской межведомственной комиссии по предприятиям с иностранными инвестициями, которой руководил Путин.
На 1995 г. заместитель председателя совета директоров ОАО АБ «Россия» (председатель – Владимир Коловай).
С 1996 года – почетный консул Королевства Таиланд в Санкт-Петербурге.
В ноябре 1996 года стал одним из восьми соучредителей дачного потребительского кооператива «Озеро» на берегу Комсомольского озера в Приозерском районе Ленинградской области (другие соучредители кооператива: Владимир Путин, Виктор Мячин, Владимир Смирнов, Владимир Якунин, Сергей Фурсенко, Андрей Фурсенко, Николай Шамалов).
С ноября 1997 года – консультант кредитного отдела акционерного банка «Россия».
На 31 дек. 2000 – зампред совета директоров АКБ «Россия» (председатель совета директоров – Андрей Катков).
С декабря 2000 года – председатель учредительного совета Центра стратегических разработок «Северо-Запад», затем председатель правления.
31 декабря 2000 был представлен президентским указом к награждению орденом Дружбы народов.
С ноября 2002 г. – председатель правления НП (некомм. партнерства) «Российская лига почетных консульских должностных лиц».
В 2003 году в списке акционеров ОАО «Акционерный Банк «РОССИЯ» изменились доли участия следующих акционеров: Ковальчук Юрий Валентинович – 41,199 %; Мячин Виктор Евгеньевич – 25,392 %.
В декабре 2003 года банк «Россия» сообщил, что разместит допэмиссию акций на 30 млн. руб. по номиналу в пользу «Северсталь-групп» Алексея Мордашова по цене в 20 раз выше номинала. Таким образом, холдинг должен был заплатить 600 млн. руб. за 9 % акций банка с собственным капиталом 616 млн. руб.
5 февраля 2004 пропал кандидат в президенты России на выборах, назначенных на 14 марта 2004, Иван Рыбкин.