В 2005 году Газпромбанк по итогам года выплатил директорам бонусы на $19,6 млн, или 5 % чистой прибыли. Это было в 2,3 раза больше, чем годом ранее ($8,6 млн). Сам Миллер получил примерно $3 млн. («Ведомости», 8 декабря 2005).
9 февраля 2006 избран председателем совета директоров «Сибнефти».
31 марта 2006 обещал, что «Сибнефть» будет переименована в «Газпром нефть» с 13 мая 2006 (не обманул).
С марта 2006 года – член комитета акционеров North European Gas Pipeline Company, компании созданной для строительства газопровода по дну Балтийского моря.
24 мая 2006 совет директоров «Газпрома» переизбрал Миллера председателем правления на следующие пять лет.
На 2006 год Миллеру принадлежало акций «Газпрома» на $740, с правом увеличить свою долю (через три года [в 2009] он может выкупить 318 179 акций (0,00134 %) за $2,8 млн. – это две его годовые зарплаты – «Ведомости», 18 декабря 2006).
В ноябре 2007 года «Ведомости» опубликовали данные о доходах Миллера. Сообщалось, что 2006 году «Газпром» заплатил членам правления компании, в том числе и Миллеру, в среднем по 35 миллионов рублей. Кроме того, как заместитель председателя совета директоров «Газпрома» он получил 16,2 миллиона рублей. Так как Миллер возглавляет советы директоров «Газпром нефти», «Газпромбанка» и «Согаза» – это дало ему еще около 5 миллионов долларов дохода. (Елена Мазнева. Миллионер Миллер. – Ведомости, 01.11.2007).
В мая 2008 года председатель своета директоров Газ-промат Дмитрий Медведев вступил в должность президента России, после чего А.Миллер стал исполняющим обязанности председателя совета директоров «Газпрома» на период до избрания годовым собранием нового состава совета. 27 июня 2008 года новым главой совета директоров был избран первый заместитель председателя правительства России Виктор Зубков, а Миллер получил должность заместителя председателя совета директоров.
В марте 2011 года совет директоров Газпрома переизбрал его председателем правления на пятилетний срок;
А.Миллер остался также заместителем председателя совета директоров.
Награжден орденом «За заслуги перед Отечеством» IV степени (2006), а также медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени.
Имеет иностранные награды; Орден Креста Венгерской Республики II степени за заслуги в энергетическом сотрудничестве, Орден Святого Месропа Маштоца (Республика Армения), Орден «Достык» («Дружбы») II степени (Республика Казахстан), Орден Почета (Республика Южная Осетия).
Награжден церковными наградами: орденом Преподобного Сергия Радонежского II степени – за внесенный «Газпромом» вклад в воссоздание в селе Недельное храма Покрова Пресвятой Богородицы и восстановления школы (август 2001; награждал Патриарх Алексий II); Патриаршей грамотой.