В 90-е годы был учредителем, бенефициаром и/или руководителем ряда фирм – акционеров петербургского банка «Россия».
В ноябре 1996 года стал одним из учредителей дачного кооператива «Озеро» (другие учредители кооператива: Владимир Путин, Владимир Смирнов, Юрий Ковальчук, Виктор Мячин, Владимир Якунин, Андрей Фурсенко, Николай Шамалов).
Участвовал в воссоздании института почетных консулов в Санкт-Петербурге; с 1996 года – почетный консул Народной Республики Бангладеш в Санкт-Петербурге (одновременно Ю.Ковальчук стал почетным консулом Королевства Таиланд; позже Теймураз Боллоев был почетным консулом Федеративной Республики Бразилия, а старший братС.Фурсенко Андрей – почетным консулом Филиппин).
С 1997 по 1998 гг. – заместитель генерального директора ОАО «Ленэнерго» (генеральный директор – Сергей Вязалов).
С 1998 по 2002 гг. занимал должность генерального директора ЗАО «Телевизионное объединение «Продюсерский центр «ШКОЛА». Продюссировал сериал «Тайны затонувших кораблей», который посвящен судам, утонувшим в Балтийском море (Министерство культуры предоставило проекту статус «Российского национального фильма»; «Газпром» спонсировал).
До 2003 года был также руководителем ООО «Мастерская Игоря Шадхана» (Шадхан – автор первого документального фильма о Владимире Путине; эксперт ЦСР «Северо-Запад»).
С начала 2003 года – заместитель начальника Департамента по транспортировке, подземному хранению и использованию газа ОАО «Газпром».
14 июля 2003 назначен генеральным директором ООО «Лентрансгаз» (сменил Сергея Сердюкова, у которого был конфликт по поводу налогов с Виктором Зубковым). (В январе 2008 «Лентрансгаз» переименован в «Газпром Трансгаз Санкт-Петербург»).
С февраля по октябрь 2008 года – генеральный директор ОАО «Национальная Медиа Группа» (НМГ), контролируемого Ю.Ковальчуком; официальные учредители – ОАО «АБ „Россия»«(54,96 %), «Северсталь-групп» (19,49 %), «Сургутнефтегаз» (19,49 %) и Страховая компания «Согаз» (6,06 %).
С октября 2008 г. – президент НМГ (гендиректор холдинга с октября 2008 по октябрь 2009 – Михаил Канцерев, с октября 2009 – Александр Орджоникидзе).
С 2003 года – член совета директоров футбольного клуба (ФК) «Зенит», с декабря 2005 – председатель совета директоров ФК «Зенит» (контрольный пакет акций принадлежит «Газпрому»). С января 2006 – президент ФК «Зенит» (пост председателя совета директоров клуба был упразднен).
Член координационного совета Федерации тенниса Санкт-Петербурга.
С февраля 2010 – президент Российского футбольного союза (РФС).
Дочь Мария Сергеевна Столярова (Фурсенко) замужем за Александром Столяровым – руководителем и совладельцев ЗАО «Светлана-Оптоэлектроника», которое производит светодиодных ламп (лоббируемые президентом и премьер-министром).