После того как началась война, вместе с другими советскими дипломатами Тупиков был интернирован германскими властями. Он выехал в Турцию, а оттуда на Родину, в Советский Союз. Вскоре его назначили начальником штаба Юго-Западного фронта. И тут он показал знание военного дела и свою принципиальность.
Василий Иванович был одним из тех, кто считал, что ради сохранения войск, вывода из-под удара, а также предотвращения угрозы окружения Киев следует сдать и срочно отступить.
Настаивая на своем мнении, он подал рапорт на имя Сталина, где, проанализировав тяжелое положение фронта, предлагал срочно отвести войска на левый берег Днепра. Иначе, доказывал он, катастрофа неизбежна.
14 сентября к аппарату связи вызвали командующего фронтом Кирпоноса, члена Военного совета Бурмистенко и Тупикова.
В 2001 году в СМИ будет опубликована стенограмма беседа Сталина с руководством фронта.
У аппарата Сталин.
— Согласен ли товарищ Кирпонос с содержанием телеграммы Тупикова, его выводами и предложением? Отвечайте.
Бурмистенко.
— У аппарата член Военного совета, здравствуйте, товарищ Сталин. Командующий и я не согласны с паническими настроениями Тупикова. Мы не разделяем его необъективной оценки обстановки и готовы удерживать Киев любой ценой.
Сталин.
— Я требую ответа у Кирпоноса, командующего. Кто командует фронтом — Кирпонос или Бурмистенко? Почему за командующего отвечает член Военного совета, он что — больше всех знает? У Кирпоноса разве нет своего мнения? Что у вас случилось после нашего с вами разговора 8 августа? Отвечайте.
Кирпонос.
— Фронтом командую я, товарищ Сталин. С оценкой обстановки и предложениями Тупикова не согласен. Разделяю мнение Бурмистенко. Примем все меры, чтобы Киев удержать. Соображения на этот счет сегодня направляю в Генштаб. Верьте нам, товарищ Сталин. Я Вам докладывал и повторяю вновь: все, что имеется в нашем распоряжении, будет использовано для обороны Киева. Вашу задачу выполним — Киев врагу не сдадим.
(В это время Тупиков побледнел, но сдержал себя.)
Сталин.
— Почему Тупиков паникует? Попросите его к аппарату. Вы, товарищ Тупиков, по-прежнему настаиваете на своих выводах или изменили свое мнение? Отвечайте честно, без паники.
Тупиков.
— Товарищ Сталин, я по-прежнему настаиваю на своем мнении. Войска фронта на грани катастрофы. Отвод войск на левый берег Днепра требуется начать сегодня, 14 сентября. Завтра будет поздно. План отвода войск и дальнейших действий разработан и направлен в Генштаб. Прошу Вас, товарищ Сталин, разрешить отвод войск сегодня. У меня все.
Сталин