Евреи, оставшиеся на оккупированной территории, пытались оказывать сопротивление гитлеровцам, бороться. В гетто и в лагерях возникло еврейское подполье, которое включало членов молодежных организаций различных политических направлений. Евреи Вильнюсского, Каунасского, Белостокского, Минского и других гетто вступали в смелую, но неравную борьбу с темными силами расизма.
Члены этих подпольных групп вели подрывную деятельность в тылу, организовывали отряды сопротивления. Многие евреи — одиночки и группы, которым удалось вырваться из гетто и лагерей, присоединились к партизанам. В лесах Белоруссии и Украины, в Восточной Литве десятки тысяч евреев сражались в еврейских и многонациональных отрядах. Они шли в атаку на немецкие войска, устраивали засады на дорогах, закладывали мины, пускали под откос железнодорожные составы. Тысячи евреев отдали свою жизнь во время восстаний в гетто и в партизанской борьбе. Приблизительно полмиллиона евреев находились в годы Отечественной войны в рядах Красной Армии, многие пали смертью храбрых на фронте. Евреи СССР отличились в этой войне, и более 150 из них получили самую высокую награду: медаль ”Золотая Звезда” и звание Героя Советского Союза.
Освобождая временно оккупированные немцами территории, большинство из них летом 1944 года, Советская Армия почти не встретила там евреев. Из 2,75 — 2,95 миллионов евреев, которые оказались под немецким господством на оккупированной территории СССР (свыше миллиона из них жили на территории СССР до 1 сентября 1939 года), погибли почти все. Уцелели очень немногие, незначительное число, главным образом, в западных районах. Остались в живых те, которые нашли убежище у местных жителей, кому удалось выдать себя за арийцев, и те, которые скрывались в лесах, были в партизанских отрядах, а также те немногие, которые вернулись из лагерей. Среди евреев, проживавших в восточной части оккупированных немцами районов и оказавшихся там в оккупации, осталось в живых меньше одного процента. Исключением была Транснистрия, которая была под властью Румынии, там процент оставшихся в живых был немного выше. Подавляющее большинство евреев погибло, их пепел остался в многочисленных долинах смерти. Сотни еврейских общин и местечек, где евреи жили в течение веков, сохраняя свои культурные ценности, были стерты с лица земли. Для миллионов евреев победа над нацисткой Германией пришла слишком поздно. Они не увидели День Победы.
К количеству жертв среди советских евреев во Второй мировой войне нужно добавить около 200000 евреев — военнослужащих Советской Армии, павших на фронтах или расстрелянных в лагерях военнопленных. Кроме того десятки тысяч евреев, как и других советских граждан, умерли во время осады Ленинграда, Одессы и других городов и в глубоком тылу Советского Союза из-за тяжелых условий жизни там во время войны.