Во время Московской битвы и последующей зимней кампании Жигарев и его штаб координировали действия ВВС намного эффективней, чем это делалось во время предыдущих оборонительных операций. Тем не менее, когда вермахт в середине октября угрожал Москве, Ставка разделила все управляющие структуры ВВС на два эшелона. Первый, включая военный совет УВВС, оставался в Москве, в то время как второй эшелон эвакуировали в безопасный Куйбышев.36По окончании Московской битвы Ставка 26 апреля 1942 года вновь назначила Жигарева командовать ВВС Дальневосточного фронта, а взамен него командующим ВВС стал генерал-лейтенант А. А. Новикова, занимавший этот пост до конца войны и добившийся больших успехов.
По рекомендациям Новикова НКО в марте 1942 года продолжил реорганизацию ВВС, выведя из-под управления фронтов дальнебомбардировочную авиацию (ДБА), переименовав ее в авиацию дальнего действия (АДД) и передав под управление Ставки. Начальником АДД стал генерал-лейтенант авиации А. Е. Голованов.37 3 8-летний Голованов уже имел внушительный послужной список в дальнебомбардировочной авиации: с февраля по август 1941 года он командовал 212-м полком дальнебомбардировочной авиации, а с августа и до своего назначения начальником ДБА/АДД – недавно сформированной 81-й дивизией дальнебомбардировочной авиации. Головокружительный карьерный взлет Голованова от подполковника в июне 1941 года до главного маршала авиации в 1944 году прервался в декабре 1944 года его назначением командующим 18-й воздушной армией.38
Под руководством Новикова на протяжении 1942–1943 годов организационная структура ВВС постоянно улучшилась, а боевая эффективность авиации значительно возросла. Например, в мае 1942 году НКО начал по рекомендации Новикова формировать самостоятельные воздушные армии для поддержки действующих фронтов и отдельные авиакорпуса для резерва В ГК, создав к концу года 17 первых и 13 последних. В тот же период Новиков разработал и применил на практике концепцию воздушного наступления. Эти и другие организационные и оперативные меры позволили ВВС добиться к середине лета 1943 года воздушного превосходства над Люфтваффе.
ВВС располагало внушительной сетью учебных заведений, высшим из них на протяжении всей войны была Военно-воздушная академия командного и штурманского состава, располагавшаяся в Москве и Оренбурге. Выпускники военного времени этой академии составляли более 70 процентов пилотов и штурманов ВВС и большинство их старших командиров.39
Противовоздушная оборона страны (ПВО страны)
Накануне войны Главное управление ПВО страны (ГУПВО страны) управляло и руководило всеми противовоздушными силами Красной Армии, а также службами раннего предупреждения. Начальником его был генерал-полковник Г. Н. Штерн, который в марте 1941 года заменил на этом посту первого начальника ПВО, генерал-майора Д. Т. Козлова.40 Хотя войска ПВО находились под оперативным управлением Генштаба, ГУ ПВО страны отвечало за планирование противовоздушной обороны страны, руководило боевой подготовкой и боевым применением всех сил ПВО, а в случае войны должно было готовить для противовоздушной обороны театр военных действий.41