3 января 1942 года ГКО попытался решить эту проблему, возложив на НКПС ответственность за восстановление и расчистку поврежденных и уничтоженных железнодорожных путей и передав все железнодорожные войска НКО под управление НКПС.107 Этим же постановлением ГКО в составе НКПС учреждалось Главное управление военно-восстановительных работ или ГУВВР [85] , а в самом ГУВВР – Управление железнодорожных войск [86] . С февраля 1942 года и до конца войны начальником железнодорожных войск НКПС служил генерал-майор (с февраля 1944 года – генерал-лейтенант) Н. А. Просвиров.108
Кроме Управления железнодорожных войск, в ГУВВР также входили передовые базы снабжения и региональные управления военно-восстановительных и заградительных работ, известные как УВВР. Они контролировались представителями НКПС и отвечали за выполнение всех восстановительных и заградительных работ в действующих фронтах.109 Хотя начальники УВВР обычно подчинялись фронтам, в случае особых операций они были подчинены начальнику ГУВВР. В свою очередь, отделы передового строительства, подчиненные фронтовым УВВР, контролировали ход всех восстановительных работ на уровне армий.
По существу, хотя за все железнодорожно-восстановительные работы отвечали совместно командующие фронтами и руководство НКПС, железнодорожные полки НКПС в действующих фронтах контролировались оперативными управлениями фронтов, а не ГУВВР или УВВР, в то время как представители НКПС надзирали за всеми железнодорожно-восстановительными и железнодорожными операциями. Таким образом, железнодорожные войска НКПС стали регулярными войсковыми частями Красной Армии, подчиненными всем обычным уставам Красной Армии.110 И наконец, ГКО запретил командующим фронтами использовать железнодорожные войска и специальные соединения НКПС для выполнения любых иных задач, кроме восстановления железнодорожных путей.111
В феврале 1942 года ГКО принял меры для внесения ясности в структуру управления железнодорожно-восстановительными работами, упразднив представителей НКПС при фронтах. После этого, хотя начальники фронтовых УВВР официально продолжали подчиняться ГУВВР НКПС, в действительности они перешли в подчинение фронтов. Однако НКПС все еще определял объем требуемых фронтами ресурсов, устанавливал квоты работ УВВР и регулировал выделение ресурсов НКПС в соответствии с планами командующих фронтами. Эта мера улучшила управление и техническое качество железнодорожно-восстановительных работ и привела к постепенному росту темпов и качества восстановления железнодорожных путей.112