После этой реорганизации ЦУП ВОСО стало отвечать за подготовку планов военных перевозок для НКПС, а также согласование их с планами Генштаба и начальника тыла Красной Армии, приводя эти планы в исполнение, если они были одобрены. Кроме того, когда Транспортный комитет ГКО предвидел какие-то трудности с переброской войск, ЦУП ВОСО готовило предложения по устранению этих трудностей.
В целом эта новая структура управления серьезно улучшила систему военных перевозок Красной Армии. ЦУП ВОСО выполняло важнейшую задачу планирования и регулирования военных перевозок, обеспечивая точное и успешное исполнение существующих оперативных планов, а ГКО и НКО постоянно контролировали его работу и оказывали ему помощь, обязуя все органы перевозок быстро и безусловно выполнять все требования ЦУП ВОСО по перевозке войск. ГКО также запрещал начальникам служб тыла в прифронтовых зонах вмешиваться в управление последовательностью отправки военных составов и транспортов.118
Поскольку в 1943 году наиболее важную роль в поддержке операций Красной Армии играл железнодорожный транспорт, УП ВОСО и ЦУП ВОСО приходилось тесно сотрудничать с НКПС, который управлял всеми железными дорогами и регулировал движение по ним. Поэтому для оказания текущей и общей помощи железным дорогам фронтов, поддерживающим крупные операции, представители ЦУП ВОСО и НКПС формировали совместные оперативные группы, возглавляемые обычно начальником ЦУП ВОСО или его заместителями и руководителями сравнимого ранга.119 Их совместные усилия тоже значительно повысили эффективность переброски войск и военных грузов.
Кроме того, у ЦУП ВОСО имелись собственные вооруженные формирования для обеспечения противовоздушной обороны железнодорожных путей и важных железнодорожных узлов. К 1 января 1944 года в эти силы входило 10 зенитно-артиллерийских полков с 40 зенитными пулеметами в каждом и 14 отдельных зенитно-артиллерийских дивизионов с 20 зенитными пулеметами в каждом. Все они централизованно подчинялись отделу противовоздушной обороны. Эти части сопровождали военные конвои и наиболее важные железнодорожные эшелоны.120
В этот период произошли и другие улучшения в сфере железнодорожных сообщений. Например, в начале 1943 года НКО упразднил передовые восстановительные участки НКПС, поскольку в них больше не было необходимости. На протяжении года масштаб восстановления железных дорог постепенно возрастал, а соответственно росла и роль фронтов в определении требований к перевозкам и восстановлению железнодорожных путей, в то время как важность УВВР НКПС постепенно снижалась. К середине 1943 года ГУВВР напрямую ставил задачу перед железнодорожными войсками только при проведении крупной стратегической наступательной операции с участием более чем одного фронта. К этому времени командующие фронтами обычно одобряли планы восстановления железных дорог после одобрения их начальником фронтового ВОСО.