В 1942 году ГКО с НКО все время продолжали реорганизовывать структуру тыла вооруженных сил, особенно улучшая управление им. Например, ГКО 27 января изъял службу продовольственного снабжения из ведомства Главного интендантского управления, преобразовал ее в независимое Главное управление продовольственного снабжения Красной Армии или ГУПС [100] и назначил его начальником Д. В. Павлова, бывшего народного комиссара торговли. В то же время он преобразовал отделы, отвечавшие за продовольственное снабжение во фронтах и армиях, в полноправные управления и подчинил их напрямую соответствующим начальникам тыла, назначив генерала П. И. Драчева главным интендантом Красной Армии.158
Вскоре после этого, 19 апреля 1942 года, НКО упразднил Главное управление тыла Красной Армии и подчинил его бывший штаб, управления и отделы начальнику тыла Красной Армии.159 Таким образом ГУПС и другие тыловые управления стали прямо подчинены Хрулеву.160
Эта реорганизация продолжилась 22 мая 1942 года, когда ГКО назначил Хрулева заместителем наркома обороны и создал пост начальника тыла ВМФ, назначив на эту должность генерал-лейтенанта береговой службы С. И. Воробьева. В тот же день ГКО также реорганизовал структуру тыла Красной Армии, увеличив полномочия начальников тыла в действующих фронтах. Теперь они стали заместителями командующих фронтов, а во всех корпусах и дивизиях были учреждены аналогичные посты. Это возложило на данных начальников (заместителей командующих) ответственность за все аспекты тылового обеспечения в пределах их юрисдикции, в том числе за снабжение вооружением, техникой и военным имуществом, за эвакуацию и за обеспечение подчиненных им служб тыла.161 И наконец, ГКО ввел аналогичную иерархию в медицинских службах – академик H. Н. Бурденко стал главным хирургом Красной Армии, а ряд других лиц был назначен на аналогичные посты на уровне НКО, во фронтах и армиях.162
Продолжая эту реорганизацию, в январе 1943 года ГКО повысил статус управления продовольственного снабжения (УПС) до статуса самостоятельного главного управления, но в июне преобразовал его в подчиненное управление под контролем начальника Главного интендантского управления тыла Красной Армии.163 В результате к середине 1943 года возникла новая система продовольственного снабжения, которая просуществовала до конца войны. Теперь она напрямую подчинялась УПС и начальнику тыла Красной Армии через его генерал-интенданта.
В эту систему входили органы продовольственного снабжения на всех уровнях вплоть до батальона.164 Когда НКО сформировал в 1943 году воздушные армии, в каждой из таких армий был создан армейский тыл, а также тыловые части, учреждения и органы во всех крупных соединениях ПВО. И на протяжении всей войны Хрулев, которому в ноябре 1942 года присвоили звание генерал-полковника, а в ноябре 1943 года – генерала армии, оставался начальником тыла Красной Армии и надзирал за этой реформированной системой.165