Помогал ему в создании «потешных» войск в селе Преображенском (значился бомбардиром Преображенского полка, где Петр являлся капитаном), участвовал в потешных маневрах, поездках на Плещеево озеро и в Архангельск. Боевое крещение Алексашка получил во время Азовских походов (1695 и 1696 годы) против Турции. С исключительным мужеством и отвагой бился на стенах сильнейшей вражеской крепости Азов. Спустя год сопровождал Петра в Западную Европу, вместе с ним учился кораблестроению на голландских и английских верфях, осваивал основы дипломатии, находясь в составе «Великого посольства».
Все двадцать лет Северной войны (1700–1721) Алексашка почти безотлучно находился там, где велись боевые действия. При кровопролитном штурме неприступной шведской крепости Нотебург (Шлиссельбург) он одним из первых ворвался на стены. За мужество, проявленное в сражении, был пожалован чином шлиссельбургского коменданта и в том же году получил графский титул. Заодно с генерал-фельдмаршалом Борисом Шереметевым Алексашка — впрочем, к тому времени его уже остерегались так называть, только сам Петр мог, — руководил осадой крепости Ниеншанц на Неве. Когда крепость сдалась и была переименована Петром I в Шлотбург, ее комендантом царь назначил Меншикова. Спустя несколько дней на лодках с отрядом гвардейцев Петр и Меншиков в жарком абордажном бою захватили два шведских военных корабля в устье Невы. В честь этой победы была выбита знаменитая медаль «Небываемое бывает», а царь и Алексашка стали кавалерами первого (и впоследствии — высшего) российского ордена — Святого Андрея Первозванного.
16 мая 1703 года Александр Данилыч участвовал в закладке крепости Санкт-Петербург («Санкт Питер бурх»), ставшей через несколько лет столицей России, и вскоре сделался ее генерал-губернатором, а также — губернатором возвращенной от шведов Ингерманландии (Ижорской земли). Вскоре ему привелось участвовать во второй осаде и штурме Нарвы: под стенами крепости «разыграли» сражение между русскими и шведскими войсками, чтобы выманить часть гарнизона Нарвы на подмогу «своим», так вот «шведами» командовал царь, а русскими — Меншиков. Хитрость удалась, и после взятия крепости он был назначен генерал-губернатором «нарвских и всех завоеванных земель».
Александр Данилыч мужественно руководил обороной Санкт-Петербурга от шведского флота в мае — июне 1704 года, за что был пожалован генерал-поручиком. Спустя год Петр направил своего ближайшего сподвижника во главе кавалерийского корпуса на помощь союзнику — польскому королю и саксонскому курфюрсту Августу II Сильному. За победу над шведским ставленником Станиславом Лещинским Август II наградил Меншикова высшим польским орденом Белого Орла, а император Священной Римской империи Леопольд I пожаловал его, по просьбе Петра, княжеским титулом. Теперь Алексашка именовался — светлейший князь…