Добавим к этому, что на рабочем столе Кияшко ждали завершения и другие его, так и не опубликованные, труды: «Почти закончена в трех томах работа списков всех награжденных войсковых жителей; составлено пока два тома «Боевой хроники Кубанского казачьего войска с 1696 г. по 1840 г. включительно», этой последней работы предполагается составить еще 5–6 томов, — писал И. И. Кияшко в одном из своих докладов, — материалы к ней печатные и письменные имеются у меня в изобилии, но по независящим от меня обстоятельствам продолжение этой работы временно мною приостановлено. Не вполне еще закончены: 1) Черноморцы в Севастополе в 1854–1855 годах; 2) Черноморцы — пластуны; 3) ст. Суворовская; 4) ст. Павловская; 5) описание старинных предметов и других памятников в Кубанской области и др.».
Но, конечно, не для военной службы вызывали И. И. Кияшко в военкомат и особые отделы. Принадлежность к «контрреволюционному» сословию и Кубанскому казачьему войску превращали престарелого архивариуса в подозрительную личность. 27 февраля 1921 г. он был арестован Кубано — Черноморской ЧК по обвинению «в контрреволюции, выразившейся в вербовке бывших офицеров и оказании помощи бело — зеленым». На следующий день в его доме в Краснодаре по улице Котляревской (Седина), 35 был произведен обыск. Вместе с Кияшко по данному делу привлекалось еще пять человек, якобы связанных с контрреволюционной организацией «Круг спасения Кубани».
Предъявленные обвинения Иван Иванович Кияшко не признал и на дальнейших допросах «откровенно не сознался, а показал: может быть, я и говорил, но по старой памяти забыл». Однако следователь нашел улики достаточными и в своем заключении от 25 марта 1921 г. предложил пятерых из шести обвиняемых, включая «дворянина Кияшко Ивана, признать врагами народа и расстрелять».
Однако судьба действительно Кияшко хранила. Уполномоченный ЧК Леонид Искрицкий (назовем здесь с благодарностью имя этого человека!), пересмотрев обвинительный материал, написал к нему «особое мнение», в котором доказательно изложил, что дело полностью сфальсифицировано недобросовестными агентами наружного наблюдения, споившими одного из «контрреволюционеров», который «под влиянием опьянения» и согласился на сбор пожертвований для бело — зеленых банд. Остальные же лица, в том числе и И. И. Кияшко, были просто вписаны (без их ведома, разумеется) в сценарий участников застолья. В действиях агентов Л. Искрицкий усмотрел грубое нарушение инструкций ВЧК. Приговор не состоялся. И, хотя уполномоченный предлагал, освободив арестованных, отправить их от греха подальше за пределы Кубани, как «элементы, политически неблагонадежные», для поселения на жительство в одной из центральных губерний России сроком на два года, 13 июня 1921 г. И. И. Кияшко был отпущен из ЧК под подписку, а 7 июля подписка была аннулирована. Думается, что не последнюю роль в этом сыграли дружные ходатайства в ЧК его коллег по Архивному управлению.