Исконные обитатели островов, как насекомые, так и люди, тоже создавали проблемы европейским поселенцам. Первые плантации, разбитые испанцами, нарушили естественную экологию региона, и в наказание на несчастных поселенцев, как саранча на древних египтян, обрушились насекомые. Между 1518 и 1520 годами, например, муравьиные армии атаковали апельсиновые рощи Эспаньолы и Пуэрто-Рико, обгладывая корни деревьев, которые чернели и гибли. В другом месте измерили глубину огромного ковра муравьиного войска и получили 11 дюймов. Столь же непредсказуемыми, хотя не столь неотразимыми были вторжения индейцев-караибов, давших имя центральному морю. Это были воинственные племена, не дававшие покоя более слабым соседям, а их обычаю поедать человеческое мясо европейские языки обязаны словом «каннибал». Когда Колумб достиг Нового Света, караибы мигрировали к северу от исконных земель в глубине Южной Америки и их флот боевых каноэ уже добрался до Пуэрто-Рико. Однако ружья и стальные клинки белых остановили индейцев. К счастью для испанских поселенцев, караибам никогда не удавалось собрать столько сил, чтобы пойти дальше захвата маленьких, плохо защищенных островов или булавочных уколов, наносимых более мощным поселениям. Им отомстили королевским эдиктом, объявлявшим, что караибов позволительно истреблять и продавать в рабство на том моральном основании, что каннибализм лишает их права на сочувствие христиан. Столь благочестивый подход вызвал множество жестокостей: вошло в обычай безжалостно пытать пленных караибов, сдирая с них кожу железными щипцами или, как в другом описанном случае, прибивая уши отчаянно отбивающейся жертвы к борту. В те жестокие дни молодую караибскую девушку могли продать в вечное рабство по цене обычного ножа.
Однако караибы сами были пришельцами на островах. Настоящими аборигенами Антильских островов были арауаки, кроткое племя с невинными обычаями, вполне отвечавшими представлению европейцев о земном рае. Их безмятежное существование было разрушено пришельцами. Первых исследователей арауаки очаровали. Они писали, что эти меднокожие, прекрасно сложенные туземцы — истинные дети счастливой Индии. Подобно детям садов Эдема, они вели беззаботную жизнь, собирая дикие плоды и ловя рыбу, да еще держали немного домашней птицы и изредка снимали урожай посевов. Обитая в столь мягком климате, арауаки не носили одежды и не строили постоянных жилищ. Иногда они сооружали грубые хижины из пальмовых листьев, но чаще ходили полуголыми и спали ночью в искусно сплетенных сетях, «хамак», подвешенных под открытым небом между деревьями. Эти безобидные создания с детской радостью приветствовали белых и одаривали их плодами, украшениями из перьев, добавляя немного золота в виде самородков и золотого песка. К несчастью для арауаков, испанцы рассматривали туземцев как часть природных ресурсов островов, такую же как древесина или богатые рыбой отмели в море. А потому они, путем неразумных распоряжений, отвратительной жестокости и множества недоразумений, уничтожили эти ресурсы. В погоне за дешевой рабочей силой они уговорами, силой и угрозами меньше чем за два десятилетия выпихнули арауаков из каменного века. Те, вполне естественно, отчаянно сопротивлялись. Тысячи арауаков молча решили, что лучше умереть, чем жить новой жизнью. Они массово совершали самоубийства: одни отказывались есть пищу, которую давали им белые, другие выпивали ядовитый сок корней кассавы. Многие как будто с радостью умирали от кори и оспы, завезенных из Европы. Заболев, несчастные бежали с плантаций и копей к своим семьям, распространяя заразу. Опустошение было огромным. Согласно весьма осторожной оценке, на Ямайке, когда туда прибыли европейцы, жили шестьдесят тысяч арауаков. К 1655 году не осталось ни одного.