Бердяев был лидером Религиозно-философской академии, на заседаниях которой нередко выступал Вл. Ильин и другие профессора Saint-Serge. Критика Ильина, уличавшего своего учителя в резком полевении, в том, что его «соблазнил кучер», била ниже пояса, кроме того, была опубликована под псевдонимом П. Сазонович. Статья вызвала настоящий скандал в эмиграции. Ее написание вызвало муки совести и в самом авторе, который буквально обрушил на Бердяева поток покаянных писем, где сравнивал себя с Иудой. Когда Ильин опубликовал резко критическую статью о П.И. Милюкове, о. С. Булгаков поставил ему ультиматум – или фельетоны, или институт. Но настоящая буря поднялась в период немецкой оккупации, когда Ильин начал сотрудничество с «Парижским вестником», издаваемым неким Жеребковым, сотрудничавшим с оккупационными органами. Мотивом к этому могло быть стремление защитить семью, ведь супруга В.Н. была крещеной в православие еврейкой, вместе с ними проживала ее мать, которая ходила отмечаться в Гестапо, и двое малолетних детей. Когда в газете появился фельетон, в котором затрагивался митрополит Евлогий, ректор Института, было принято решение освободить Ильина от обязанностей профессора. Собственно, похожее решение, однако в другой ситуации, было принято в Институте в 1939 году относительно другого не менее известного философа Г.П. Федотова, которого скомпрометировали, наоборот, связи с испанскими левыми, противниками франкистского режима. Институт существовал в значительной степени на деньги английских и американских благотворителей, как правило, протестантских, поэтому был вынужден так или иначе сообразовывать свою политику с ними. Не содействовало улучшению и без того скандальной репутации Ильина и получение им стипендии и командировки в Берлин. В 1941-42 годах Ильин подолгу живет в Берлине, занимаясь в Университетской библиотеке, общается с настоятелем православного прихода в юрисдикции митр. Евлогия прот. Иоанном Шаховским, впоследствии известным церковным писателем, протоиереем Александром Киселевым, известным деятелем РПЦЗ, которому в старости суждено было вернуться в Россию и закончить свой век в Донском монастыре.
После возвращения из Германии и смены идеологических ориентиров Ильин снова претендует на профессорство в Saint-Serge, но ему с трудом удается наладить отношения со своими бывшими коллегами. В архиве Института хранится письмо митрополита Евлогия, обращенное к декану о. Сергию Булгакову, в котором он просит оказать материальную поддержку Ильину, которого он встретил с дочкой на литургии в храме и нашел глубоко несчастным. Произошла, наконец-то, личная встреча с Бердяевым и возобновилось общение с отцом Сергием Булгаковым, однако прежний свой статус в Институте Ильин восстановить уже не мог. В свойственной Ильину полуироничной-полувосторженной манере он пишет Булгакову 3.06.1944 после их встречи, скорее всего оказавшейся последней (на следующие сутки после этого письма, с отцом Сергием случится инсульт и он уже не встанет со смертного одра): «Хочу вам сказать, что моя последняя встреча с Вами ввергла меня в такую бодрость, окрыленность духа и тела, что даже эвритмию я делаю гораздо лучше и прыжки мои повысились чуть не вдвое. Поразитесь-ка! Господь да воздаст Вам за оказанное мне благодеяние и за всякое счастье, за вновь подаренную мне молодость!». А двумя годами раньше, 16 декабря 1942 года Ильин делится с Булгаковым своими творческими планами: