Наконец, Тайной канцелярии эта волокита надоела и там решили начать допрос иеродиакона без пытки, но «с показательством».
В хмурый осенний день отца Кирилла провели в застенок, где уже находились его бывшие весёлые собутыльники. После обычных формальных вопросов ему предложили чистосердечно покаяться «в злом умысле против Её Царского Величества, императрицы Елизаветы Петровны.». Кирилл по совести показал, что ни о каком злом умысле против государыни он никогда не думал, а что «зазорные речи» были произнесены им в пьяном виде, бессознательно.
Его оставили в покое, предложили даже сесть, но при нём начали пытать арестованных вместе с ним, и несчастные, вздёрнутые на дыбу, обожжённые пылающими вениками, избитые кнутом, среди воплей и стонов возводили на Кирилла всякие небылицы, приписывали ему речи и планы, от которых у него волосы шевелились на голове. Один из пытаемых, между прочим, показал, что монах носит у себя на шее, в ладанке, порошок, которым намеревался извести государыню. Судьи немедленно, «с соблюдением всяческого уважения к духовному сану», обыскали иеродиакона. Действительно нашли ладанку, распороли её, и на стол высыпался серый порошок Напрасно отец Кирилл клялся, что это зола из кадила, которое горело в Иерусалиме при гробе Господнем, и даже называл монаха, что привёз эту золу, – порошок приобщили к делу как важную улику.
С этого злополучного дня отца Кирилла стали каждый день водить в застенок. Ему приходилось присутствовать при пытках не только друзей, но и людей, совершенно посторонних. От природы добрый и жалостливый, несмотря на своё сумасбродство, иеродиакон сначала ужасался, рыдал при виде страшных пыток, потом вдруг стал сосредоточенным, угрюмым, а через неделю вдруг бросился на судей и расшвырял их во все стороны, как щепки. На него накинулись конвойные солдаты, но Кирилл обладал недюжинной силой, а сознание опасности развило в нём ловкость, которой никак нельзя было ожидать от монаха. Он оборонялся руками и ногами, и конвойные солдаты через минуту валялись на полу. Им на помощь поспешили палачи, оставившие свои жертвы, но и они отступили.
Помешавшийся иеродиакон забаррикадировался разными орудиями пыток, вооружился железными полосами и, сидя в своём углу, рычал как зверь. Если бы это был простой обвиняемый, разъярённые судьи, конечно, без всяких церемоний приказали бы солдатам приколоть его или пристрелить, но об отце Кирилле была заведена целая переписка; его приходилось щадить, и судьи избрали законный путь: отправились к Черкасскому, изложили ему все обстоятельства казусного дела; тот немедленно снёсся с Синодом, и уже через несколько часов в Тайной канцелярии была получена резолюция, предписывающая обращаться с Кириллом как с простым колодником, ибо «Синод признал его татем и разбойником и постановил лишить иноческого сана, коего он по своим поступкам недостоин».