Тем временем Дарий и его военачальники производили реорганизацию своей армии, которая не обошлась без трагических событий. Мемнон, со своим флотом занявший Хиос и высадившийся на Лесбосе, умер на этом острове, когда осаждал Митилену: так Великий царь лишился лучшего из своих стратегов. Персидский флот после этого сыграл весьма незначительную роль, совершив несколько рейдов в Эгейском море. Дарий собирал свои силы в Сирии, куда должны были прибыть греческие наемники Мемнона. Афинянин Харидем советовал ему опереться на них, чтобы выступить против македонской армии с сильным войском, закаленным и сплоченным. Но ревность персидской знати к этому греку заставила отказаться от этой, возможно спасительной, идеи, а Харидем, который не захотел подчиниться по доброй воле, был отправлен разгневанным Великим царем к палачу. В итоге атаки Александра ждала многочисленная, но разношерстная армия: к боевому корпусу, сформированному из наемников, были присоединены небольшие отряды азиатов и иранская конница.
Александр, оставив побережье Черного моря, поручил одному из лучших своих военачальников, Антигону, контролировать Фригию и охранять от любого посягательства западную границу своих анатолийских завоеваний, проходящую по реке Галис. Антигон до самого конца царствования Александра проявит себя достойным такого доверия. Сняв с себя эту заботу, царь направился в Сирию, ясно показав тем самым, что он не намерен ограничиться завоеванием Малой Азии. Болезнь ненадолго задержала Александра в Киликии, в Тарсе, где его лечил врач Филипп из Акарнании. Однажды, принимая из рук врача лекарство, Александр получил письмо от Пармениона, предупреждавшего, что Филипп был подкуплен шпионами Дария, чтобы отравить Александра. Бесстрашный царь протянул письмо врачу и выпил чашу со снадобьем: доверие, которое он питал к своим друзьям, не могли поколебать ложные доносы. Этот жест демонстрирует ту склонность к риску, которой он любил поражать свое окружение.
Выздоровев, он преодолел горные пути, которые вели в Сирию, и осенью 333 года до н. э. вышел на прибрежную равнину у Александретты. Продвигаясь дальше на юг, он обнаружил, что Дарий, направлявшийся с противоположной стороны, разминувшись с ним, тоже пересек горы и занял Иссу, находящуюся у Александра в тылу. Македонская армия оказалась отрезанной от Малой Азии. Немедленно повернув обратно, Александр выступил против численно превосходящих войск Дария на берегах Пинара — небольшой прибрежной реки, впадающей в залив у Александретты, возле Иссы. Армии сошлись в битве с обратных сторон: Александр — с юга, персы — с севера. После упорной борьбы атака конницы с правого фланга во главе с самим царем решила исход сражения. Дарий пустился в бегство на своей колеснице, а за ним в полном беспорядке устремилась его армия. Его храбро сражавшиеся греческие наемники отступали организованно, и некоторые из них добрались до Греции, где их принял к себе на службу спартанский царь Агис. В обозе Дария, брошенном у Дамаска, македоняне обнаружили его великолепный шатер, его предметы роскоши, а главное, взяли в плен мать, жену, двух дочерей и сына Великого царя. Не собираясь обращать захваченных в рабство, как то диктовали законы войны и примеры поэмы о Трое, Александр отнесся к ним почтительно, особенно к царице-матери, и успокоил их, сообщив, что Дарий, которого они считали мертвым, жив. Такое великодушие произвело большое впечатление и прославило величие и благородство царя.