Однако Иван III опять ограничился полумерами. В 1494 г. Зосиму убрали с митрополичьего престола, но без шума и скандалов. Объявили, будто он добровольно ушел в монастырь, а в официальных документах указывали, что его сняли за пьянство и нерадение о Церкви. Новый митрополит Симон повел борьбу с сектантами, а преподобный Иосиф Волоцкий, получив доступ к государю, убеждал его по всем городам искать и казнить еретиков, не принимать от них покаяния (поскольку мораль жидовствующих допускала ложь). На это великий князь все еще не соглашался. Считал, что лжеучения надо искоренять более мягкими средствами. А иногда, выведенный из терпения, даже приказывал св. Иосифу умолкнуть.
Но дело о ереси вдруг перешло с духовного на политический уровень. В 1498 г. высокопоставленные сектанты, группирующиеся вокруг Елены Волошанки, оклеветали супругу Ивана III Софью Палеолог и сына от нее, Василия. Были выдвинуты обвинения, что они готовили переворот, хотели отравить Елену и княжича Дмитрия. У нескольких приближенных Софьи под пытками вынудили признание, двоих четвертовали, четверых обезглавили. Знахарок, лечивших великую княгиню, объявили колдуньями и утопили. Многие дворяне попали в темницу. Софья и Василий были взяты под стражу, а своим наследником государь торжественно объявил внука Дмитрия, венчав его шапкой Мономаха.
И все же торжество еретиков оказалось недолгим. Через год ложь раскрылась. Великий князь назначил новое следствие. Виновниками интриги и смерти неповинных людей оказались боярин Иван Патрикеев с сыновьями и его зять Ряполовский. Ряполовскому отрубили голову, Патрикеевым по ходатайству духовенства Иван III заменил казнь пострижением в монахи. На Елену и Дмитрия он наложил опалу, а наследником назначил Василия. Постепенно великий князь осознавал опасность, грозившую Церкви и всему государству. Несколько раз каялся перед св. Иосифом, что допустил слабость, проглядел гнездо еретиков вокруг своей невестки. Тем не менее, все еще колебался, да и среди его советников по-прежнему были жидовствующие. Но ревностными борцами с ересью стали Софья и Василий, пострадавшие от сектантов. Вскрывались новые доказательства. В 1502 г. Елена и княжич Дмитрий были взяты под стражу. Их было запрещено именовать великокняжескими титулами и даже, как еретиков, поминать в церковных молитвах.
И тут же обрушился ответный удар. 7 апреля 1503 г. внезапно умерла Софья Палеолог. Причина смерти была установлена уже в XX в. При вскрытии великокняжеских гробниц химический анализ выявил, что содержание мышьяка в останках Софьи вчетверо превышает максимально допустимый уровень [69]. Что ж, она и впрямь мешала многим. Была врагом еретиков, да и Риму «изменила», обманула надежды на внедрение в Москве унии. Вполне может быть, что одновременно с ней пытались отравить Ивана III. Он тяжело заболел, ради исцеления совершал паломничество в Троицкий монастырь, Переславль, Ростов и Ярославль. Хотя может быть, сказалось потрясение от смерти супруги.