А генуэзские города были завоеваны турками. Хотя один из них, Азов, был далекой окраиной Османской империи, у властей до него долгое время руки не доходили. Местные казаки стали считать его своей «столицей», жили в полной воле, не подчиняясь никому, нападали на турок, грабили купцов. Наконец, в 1502 г. султан повелел Менгли-Гирею навести порядок, а «всех лихих пашей казачьих и казаков доставить в Царьград». Хан предпринял экспедицию и занял Азов. А казаки отступили от устья Дона вверх по реке, основав свои городки. Так возникли низовое (нижнедонское) казачество — его основой стали азовские казаки, и верховое (верхнедонское) — костяк его составили выходцы с Руси. Они были разделены, так как места у Переволоки лежали близко от Астраханской орды и оставались слишком опасными.
Днепровские казаки пользовались покровительством магнатов, чьи владения располагались у границы Дикого Поля. Помогали отражать татарские набеги и получали пристанище в Киеве, Каневе, Черкассах, Немирове, Полтаве. В крепостях зимовали, а летом выходили в степь на промысел. В 1503 г. Менгли-Гирей жаловался, что киевские и черкасские казаки ограбили турецких купцов. В 1504 г. он просил Ивана III отпустить крымских послов «на зиме… коли казаки не ездят и дорога чиста», а в 1505 г. в переписке отмечалось, что «от казаков страх в поле».
Версия о том, что казаки — беглые крепостные, не выдерживает критики. На Руси крепостного права еще не было. Да и не смогли бы крестьяне без воинских навыков выжить в Диком Поле. Но в семейных преданиях прежних казаков, рассеянных во времена Тамерлана, сохранялась память о давней вольной жизни. И некоторые из их потомков стали возвращаться в степи. Однако и производить казачество напрямую от древних касогов и бродников было бы ошибкой. Оно вбирало в себя представителей разных народов. К потомкам «пра-казаков» присоединялись удальцы из жителей приграничья, привычных к военному быту. Примыкали беглецы из татарского плена. Среди казаков в этот период встречаются и тюркские имена — татарские воины, потеряв в междоусобицах родных и имущество, тоже прибивались к казакам.
Но в образовании казачества сыграл важную роль еще один фактор — начавшиеся процессы централизации Руси. Подобные процессы в истории всех государств бывают не только благотворными, но и весьма болезненными. Самые активные, энергичные люди могут противиться «унификации» и, как правило, погибают. Так было везде, в феодальных войнах Западной Европы, Арабского мира, Индии, Японии. И только на Руси нашлась «готовая» древняя структура, которая нуждалась именно в таких людях, вбирала их в себя. Казачество.