Михаил вместе с братьями Иваном и Василием уехал в свой город Туров и поднял мятеж. Связался с Василием III и просил помощи, обещая взбунтовать всю Украину. Кстати, этот термин был чисто географическим и понимался в прямом смысле — «окраина». Была Московская Украйна: к ней относились брянские, калужские, рязанские земли, была Литовская Украйна — Полтава, Киев, Брацлав. Василий III охотно поддержал Глинского, послал к нему отряды ратников и служилых татар. Но раздуть серьезное восстание не удалось. Большинство украинских магнатов сохранило верность королю.
Не поддержали мятеж и днепровские казаки. В начале XVI в. их лидером стал литовский аристократ Ляндскоронский. Он занялся организацией казаков для защиты Украины от татар, собирал их под свое начало, обеспечивал оружием, боеприпасами, и был избран гетманом. И если Сигизмунду изменили Глинские, то были и такие, кто изменил Василию III — Константин Острожский, Евстафий Дашкович. Острожский, талантливый полководец, был взят в плен в прошлой войне, но под поручительство митрополита принес присягу и поступил на русскую службу. Дашкович, литовский воевода, перешел к Ивану III добровольно. Теперь оба перебежали обратно. Сигизмунд их принял с распростертыми объятиями, дал Острожскому Киев, а Дашковичу — Канев и Черкассы, центры днепровского казачества. Во время бунта Глинских Дашкович с Ляндскоронским сумели удержать казаков в повиновении. Обещали им грядущие милости короля, настраивали против русских. Этой агитации помогало и то обстоятельство, что казаки привыкли драться с крымцами, а Менгли-Гирей был давним союзником Москвы.
Надежды Василия III на восстание не оправдались. Но и литовцы поняли, что Россия при новом государе отнюдь не ослабела — московские полки разоряли неприятельскую землю, доходили до Минска и Вильно. В 1508 г. Сигизмунд попросил вдовствующую королеву Елену быть посредницей в примирении. Она обратилась к брату, и Василий III согласился. Мир был заключен на старых границах. А Глинским было дозволено выехать в Россию, великий князь дал им несколько городов. Но эта война стала по сути лишь «разведкой боем». Раз не получилось одолеть русских нахрапом, паны решили получше подготовиться.
Прошло несколько лет, и Елену, помогшую заключить мир, подвергли вдруг демонстративному поруганию. Ее начали оскорблять, унижать, воеводы Радзивилл и Остиков схватили ее прямо в церкви во время обедни, выволокли из храма и заключили под арест, отобрав ее казну и лишив всех слуг. Она сумела переслать письмо брату в Москву, сообщила, как с ней обошлись, но письмо стало последним. Вскоре после этого, в январе 1513 г., Елена скоропостижно умерла. Литовцы писали, что «от горести». Но все русские источники единодушно утверждают, что ее отравили. Кто? Очевидно, те круги, которые желали спровоцировать войну. Вдобавок в Москве узнали, что послы Сигизмунда натравливают на Русь крымских татар. И на западных границах снова заполыхали сражения. Вторая война протекала гораздо тяжелее и напряженнее, чем первая. Русские взяли Смоленск и еще ряд городов. Литовцы под командованием Острожского одержали большую победу под Оршей, но отбить Смоленск не смогли и, в свою очередь, были разгромлены возле крепости Опочка.