Почвенные организмы, поедая в почве органику в виде корней и надземной части отмерших растений, выделяют органические кислоты, которые растворяют химические элементы минералов почвы, превращая их в питательные растворы для растений следующих поколений. Минералы почвы не растворяются простой водой, дождевой или поливной. Они растворяются только органическими кислотами, выделяемыми почвенными организмами. Поскольку любые почвы представлены минералами (песчаные, глинистые, щебеночные, лессовые и др.), Докучаев имел право сказать: «Нет плохих почв. Есть плохие хозяева». Если хозяин заботится о том, чтобы в почве постоянно проживало достаточное количество живых почвенных организмов, то любая почва при этом будет плодородной. Хозяева большинстве своем, кроме многоразового за сезон переворота пласта земли, вносят в почву сырой навоз, закапывают в нее сидераты, торф, опилки, минеральные удобрения, чем так же уничтожают живую почвенную среду, которая гибнет от выделений в сферу ее обитания свободного азота, аммиака, насыщенных растворов химических элементов, которые образуются в почве от разложения сырой органики и от залпового одноразового внесения химии. Кроме этого минеральные удобрения разлагают и разрушают гумус почвы, хранитель и накопитель в корнеобитаемом слое растений растворов минералов почвы, являющихся пищей для растений. Минеральные удобрения измельчают структуру почвы, делают ее мелкодисперсной, пылевидной, плотной, плохо пропускающей влагу и воздух внутрь корнеобитаемого слоя. Такая почва «заплывает» во время выпадения осадков, покрывается твердой коркой после испарения влаги, в сухие периоды превращается в пыль и выдувается ветрами. Академик Мальцев категорически возражал против пахоты целины и применения на ней минеральных удобрений. К его мнению не прислушались, и целина через 3-5 лет перестала давать хорошие урожаи, а плодородный слой почвы был унесен ветрами. Почвы целины деградировали, как деградировали почвы полей по всей России.
Почвенные организмы, поедая в почве органику, структурируют почву, делают ее пригодной для жизни на ней следующих поколений растений. Вместо бывших корней в почве образуются пустотные проходы, через которые в нее проникают воздух и влага, через них же из почвы выходит углекислый газ, продукт разложения органики и дыхания почвенных организмов. Благодаря этим пустотам почва становится рыхлой на большую глубину, на глубину проникновения корней растений. Это способствует развитию корневой системы растений следующего поколения. Неразлагаемые остатки органики и останки почвенных организмов накапливаются в почве в виде гумуса — комковатых частиц, склеенных между собой слизями и потому хорошо удерживающимися именно в корнеобитаемом слое почвы. Гумус на 50% состоит из пустот, через которые в почву легко проникают воздух и влага. Кроме этого, гумус обладает очень ценным свойством, которым не обладают минеральные частицы почвы, — частицы гумуса несут на себе электрический заряд. Этим зарядом на поверхность частиц гумуса притягиваются растворы минералов и удерживаются на ней как от проникновения в более нижние слои грунта, так и от выхода по его капиллярам на поверхность почвы. Т. о. растворы минералов остаются в корнеобитаемом слое. Именно благодаря свойству удерживать в корнеобитаемом слое растворы минералов одновременно со свойством пропускать в почву воздух гумус является основой плодородия почвы. Чем больше в почве гумуса, тем больше почвенных растворов накапливается на поверхности его частиц, тем больше в ней пищи для растений.