В итоге Новиков приказал сформировать из восьми полков «временную авиагруппу» во главе с генерал-майором С. И. Руденко. Она предназначалась для действий на правом фланге 54-й армии. Главное «ноу-хау» заключалось в том, что объединение из истребительных, штурмовых и бомбардировочных полков под единым командованием в течение длительного времени действовало на определенном участке фронта в интересах конкретного участка фронта. По сути, это был прообраз будущих воздушных армий.
И хотя советское наступление в итоге закончилось полнейшим крахом, действия генерал-лейтенанта Новикова получили высокую оценку руководства страны. И 11 апреля 1942 г. он был назначен уже командующим ВВС Красной армии вместо генерал-полковника Жигарева.
Получив одобрение сверху, новый начальник авиации с энтузиазмом взялся за ее реформирование, суть которого заключалась в централизации управления и укрупнении воздушных соединений. В первую очередь был создан штаб ВВС во главе с 41-летним генерал-майором Сергеем Александровичем Худяковым. Настоящим детищем Новикова стал особый отдел по изучению и обобщению опыта воздушной войны, который должен был заниматься разработкой современных теорий и наставлений.
Вскоре Сталин согласился с предложенной Новиковым новой организационной структурой фронтовой авиации. В частности, ВВС фронтов было решено преобразовать в воздушные армии. Процесс пошел, и 5 мая приказом наркома обороны № 0081 на основе ВВС Западного фронта была сформирована 1-я воздушная армия. Кроме прочих частей в нее вошли две смешанные авиадивизии, каждая из которых состояла из двух штурмовых и двух истребительных полков. До конца месяца были созданы 2-я, 3-я и 4-я армии, в июне — 5-я, 6-я и 8-я армии, затем в июле — 14-я и 15-я армии, а до конца года общее число воздушных армий достигло уже семнадцати, из которых тринадцать находились в действующей армии.
Реорганизация не обошла стороной и штурмовые полки. Их штат в мае 1942 г. был увеличен до трех эскадрилий по десять Ил-2. И с учетом еще двух самолетов, числившихся при штабе, штатная численность полка отныне составляла 32 штурмовика. Одновременно начали формироваться и более крупные соединения — штурмовые авиационные дивизии (шад). Соответствующий приказ устанавливал, что каждая такая дивизия должна иметь три штурмовых полка, а также отдельную штрафную штурмовую эскадрилью.
Последний факт подтверждает то, что все позднейшие слухи и разговоры о летчиках-штрафниках, летавших на Ил-2, имели под собой вполне реальное основание. Да и остальные пилоты нередко на практике оказывались в положении штрафников. Тяжелейшие потери оказывали на них сильнейшее психологическое воздействие, особенно на тех, кто только что попал на фронт после ускоренного выпуска из училища. Поэтому приходилось принимать жесткие меры по сохранению порядка и дисциплины. Так, командующий 16-й воздушной армией генерал-майор Сергей Руденко в ходе ожесточенных боев в районе Сталинграда подписал приказ, согласно которому истребители, сопровождавшие «горбатых», одновременно должны были исполнять роль своеобразных воздушных загр ад отрядов. В случае, если пилоты штурмовиков отворачивали раньше времени с боевого курса и уклонялись от атаки назначенных целей, истребители были обязаны открывать по ним огонь и сбивать как врагов.