4 сентября — Государственная дума повторно отклоняет кандидатуру Виктора Черномырдина на пост председателя правительства РФ.
11 сентября — Государственная дума дает согласие на назначение Евгения Примакова председателем правительства РФ. Госдума утверждает отставку Сергея Дубинина с поста главы Центробанка и утверждает в этой должности Виктора Геращенко.
Сентябрь — Депутаты Юрий Маслюков, Геннадий Кулик, Георгий Боос, Александр Шохин, Георгий Ходырев и Владимир Рыжков получают предложения занять посты в правительстве Евгения Примакова. Рыжков отклоняет предложение, Шохин принимает, но потом подает в отставку еще до того, как Дума снимает с него депутатские полномочия.
2 декабря — Дума принимает постановление о восстановлении памятника Феликсу Дзержинскому на Лубянке.
16 декабря — Дума принимает закон «О первоочередных мерах в области бюджетной и налоговой политики».
1999 год — последний год работы Государственной думы второго созыва
10 марта — Госдума принимает в первом чтении конституционный закон «О государственном гимне Российской Федерации» (музыка Александрова, слова Михалкова и Эль-Регистана).
12 апреля — Депутаты вносят поправки в регламент, предусматривающие возможность открытого голосования именными бюллетенями и детализирующие порядок выдвижения обвинения против президента.
12 мая — Борис Ельцин отправляет в отставку правительство Евгения Примакова и предлагает Госдуме дать согласие на назначение председателем правительства Сергея Степашина.
13, 14, 15 мая — Госдума рассматривает вопрос об отрешении президента Б. Н. Ельцина от должности. Специальная думская комиссия по оценке соблюдения процедурных правил и фактической обоснованности обвинения, выдвинутого против президента РФ, сформулировала пять пунктов обвинения. Оглашаются итоги голосования по вопросу об отрешении президента РФ Бориса Ельцина от должности. Ни один из пяти пунктов обвинения не набирает требуемых для дальнейшего продолжения процедуры импичмента 300 голосов.
19 мая — Депутаты дают согласие на назначение Сергея Степашина председателем правительства РФ.
9 августа — Борис Ельцин отправляет в отставку правительство Сергея Степашина, назначает и. о. премьера Владимира Путина и предлагает Госдуме дать согласие на его назначение председателем правительства. Президент издает указ о назначении на 19 декабря выборов в Госдуму третьего созыва.
16 августа — Депутаты дают согласие на назначение Владимира Путина председателем правительства РФ.
13 декабря — Госдума ратифицирует договор о создании Союзного государства Российской Федерации с Республикой Беларусь.