Вера во всепобеждающую силу человеческого разума пронизывает все произведения Марти. Вся история человечества, говорит он, свидетельствует о больших способностях людей к анализу, классификации фактов и выведению на их основе законов. То, что еще вчера было набором разрозненных фактов, ныне приобретает стройность настоящей науки, где каждый факт получает свое объяснение и занимает подобающее ему место среди других фактов. Еще несколько лет назад электричество было непокорной и разрушительной силой, природа которой оставалась неизвестной. А сейчас оно служит человечеству, как хорошо объезженная лошадь.
Марти приветствует великие победы науки. По его словам, научные достижения являются закономерным результатом раскрепощения человеческого разума. «XVIII век, — писал Марти, — основал Свободу, XIX век создает Науку. Естественный порядок не нарушен: Наука пришла после Свободы, которая есть основа всего» (17, стр. 518).
Марти выступает с резкой критикой позитивизма. В статье «Дарвин и Талмуд» (1884) он отвергает агностицизм позитивистов, сравнивает их воззрения с заповедью Талмуда, которая гласит: «Не пытайся постигнуть то, что слишком высоко для тебя, ни проникнуть в то, что находится вне твоего познания, ни открыть то, что расположено за пределами твоего разума» (16, стр. 951). Отмечая, что позитивисты XIX в. недалеко ушли от Талмуда, Марти писал: «Позитивизм считается новым течением, однако он представляет собой не более чем простое повторение философской эпохи, известной в истории всех народов; то, что нами было выписано из Талмуда, есть не что иное, как трусливая позитивистская доктрина, которая, руководствуясь здоровым желанием предостеречь людей от вздорных спекулятивных построений, наносит тем не менее вред, пытаясь остановить человечество на полпути. Нужно заложить основу, прежде чем сделать шаг вперед в науке, но нельзя прокладывать дорогу к небу» (16, стр. 951).
Философия Марти глубоко оптимистична по своему содержанию. «Такие чудеса творят люди, — восклицает Марти, — что Прометей сможет разорвать свои цепи и задушить орла, а замечательная лестница Иакова перестанет быть мечтой!» (17, стр. 1048). Прославляя разум и науку, Марти заявляет: «Мыслить — значит служить человечеству», «Созидать — вот лозунг нового поколения» (11, стр. 171, 173). Мыслить и созидать — таков его вывод.
Большинство естествоиспытателей, с именем которых были связаны самые выдающиеся научные достижения прошлого века и открытиями которых живо интересуется Марти (Дарвин, Гекели, Геккель и др.), стояло на позициях стихийного естественнонаучного материализма. Понятно, что взгляды этих естествоиспытателей оказали положительное влияние и на Марти.