Одновременно Марти отвергает и попытки спиритуалистов положить в основу всего сущего духовную субстанцию. «Влиянием культуры на человеческий ум объясняется стремление последнего рассматривать действительное как явление, а не как субстанцию, как случайное и следствие, а дух как абсолютное бытие» (17, стр. 1684).
В статье «Новая и любопытная книга» (1884) Марти с позиций естественнонаучного материализма подверг резкой критике спиритуалистские рассуждения Фрэнсиса Солтена, призванные доказать абсолютную наследственную предопределенность психики человека. Последний заявлял: «Дайте мне три поколения родственников, и я вам предскажу все духовные качества их потомков» (16, стр. 958). По мнению Марти, такой «теорией» наследственности Солтен преследует цель заставить «материалистическую философию согласиться с тем, что дух появляется на земле с заранее намеченным и сформировавшимся характером» и «даже признать в той или иной форме истинность предсуществования, что в свою очередь ведет к утверждению необходимости и разумности послесуществования» (16, стр. 959).
Отбросив крайности — спиритуализм и вульгарный материализм, Марти не остановился в нерешительности перед таинственной «духовной жизнью». Он считает, что «законы жизни могут быть познаны, как и законы звезд», а «духовная жизнь — это такая же наука, как и физическая жизнь» (16, стр. 958–959). При этом он открыто выражает свои симпатии материализму, материалистической точке зрения: «Материалистическая философия является не чем иным, как горячим выражением человеческой любви к истине и законным восстанием духа анализа против претенциозности и высокопарности тех, кто пытается установить законы вещам, сущности которых не знает. Материалистическая философия, чтобы завершить свои системы, встанет перед необходимостью изучения законов духа. От отрицания духа (которое было вызвано в наше время, как и в прошлом, утверждением об исключительности духа) она перейдет к открытию того, что дух подчинен законам и движется в соответствии с ними, ускоряемый или сдерживаемый в своем развитии механическими причинами или окружающими обстоятельствами…» (16, стр. 957).
Выступая против схоластического раздвоения человека, Марти тем самым отвергал в принципе старый метафизический подход к изучению духовных явлений.
Дарвинизм, нанесший сокрушительный удар по антинаучным креационистским воззрениям, способствовал широкому распространению диалектических идей развития. Эти идеи, в особенности идеи трансформизма, всеобщей связи и взаимной обусловленности природных явлений и т. д., нашли свое отражение и в мировоззрении Марти. Опираясь на данные естествознания, и прежде всего на учения Дарвина и Лайеля, Марти подчеркивает всеобщий характер закона развития: «Все течет и изменяется…» Непрерывное изменение происходит как в «мире материальном», так и в «мире моральном». Процесс развития протекает «от несовершенства к совершенству». Все, что рождается, является слабым и несовершенным; и ничто не достигает совершенства без того, чтобы не пройти через первоначальное состояние слабости и несовершенства. Ничто не разрушается без того, чтобы при этом что-либо не возникло.