Сочетание военных обязанностей и политической деятельности, имевшее серьезное значение, постепенно отвлекло орден от его первоначального назначения и погрузило в водоворот мирских интересов и дел. Это привлекло к постепенному отчуждению ордена от церкви. И уже в XIII в. часто раздавались жалобы на то, что деятельность иоаннитов в области призрения больных и бедных ничтожна в сравнении с их военным могуществом. Их обвинили даже в ереси. «Эти обвинения не были подтверждены ни в то время, ни позже, но они доказывают, что сияющий нимб, окружавший орден в глазах всего христианского мира, стал быстро блекнуть».
Ужасные потери, понесенные иоаннитами в 1289 г. во время защиты сирийского Триполиса, надломили их силы. И когда несколько лет спустя они принуждены были покинуть Святую землю, от ордена осталось едва ли не одно только воспоминание. Тем не менее это не умаляет его культурно — исторического значения ордена для более раннего времени. Среди присущего этому последнему самого грубого невежества, орден являлся благородным и добросовестным представителем той высшей культуры, гуманные, истинно христианские причины которой получили всеобщее признание лишь спустя несколько столетий. Так как внешние обстоятельства все более и более выдвигали на первый план светскую сторону двойственной задачи ордена, то иоанниты сделали первую попытку основать особое государство. Следуя их примеру, более молодой Тевтонский орден в Мериенбурге создал впоследствии подобное же государство на другой почве и в более грандиозном масштабе.
Один немец устроил в Иерусалиме прибежище для призрения больных и бедных немецких паломников. Благочестивые немцы поступали туда в качестве служащих братьев, а короли иерусалимские дарили дому призрения деньги и земли.
Завоевание Иерусалима в 1187 г. тяжело отозвалось также и на немецком убежище. Изгнанные из Иерусалима и лишенные своих владений, доходы с которых позволяли им выполнять свои благочестивые обязанности, уцелевшие члены братства спаслись в Аккуне. Там, несмотря на самые тяжелые условия, они возобновили свою деятельность среди немецких крестоносцев и заслужили их глубокую признательность. Особенное горячее участие проявил к ним герцог Фридрих Швабский. При содействии немецких князей, которые в 1197 г. прибыли в Сирию, братство, призревавшее больных, преобразовалось в духовный рыцарский орден.
Члены нового ордена давали три монашеских обета, им сообщались правила тамплиеров, и, как внешний знак самостоятельности их ордена, они получали особое одеяние: белый плащ с черным крестом.