В первые путинские годы Сергей Иванов напоминал тень президента, которая всегда несколько отстает от хозяина. Владимир Путин едва ли не насильно толкал армию к профессионализации, а Иванов доказывал, что это слишком дорого для страны. После 11 сентября 2001 года Иванов заявил, что даже теоретически не может представить возможности размещения НАТОвских баз в странах СНГ, а Путин буквально через несколько дней благословил развертывание этих баз.
Впоследствии тень слилась с хозяином. Путин стал с удовольствием повторять вслед за Ивановым сентенции об успехах в военном строительстве. Ставить на повестку дня требования Шанхайской организации сотрудничества о выводе баз США с территории стран Средней Азии. Рассказывать о чудодейственных боеголовках, способных преодолевать американскую систему ПРО.
Это трогательное единение обусловило выдвижение Иванова на роль почти официального преемника. Один язвительный наблюдатель заметил, что нынче вся политическая борьба в России свелась к борьбе между Первым (разведка) и Вторым (контрразведка) главками бывшего КГБ. Как раз бывшие коллеги и попытались несколько подпортить образ Сергея Борисовича: и Генеральная, и Главная военная прокуратура вдруг стали публично разоблачать армейскую преступность, а государственные телеканалы подали трагедию Андрея Сычева как сенсацию, когда такие случаи происходят в армии чуть ли не ежедневно.
Во время визита министра обороны Сергея Иванова в Армению 25 января 2006 года, его спросили: «Что у вас там случилось в Челябинске?». «Я в последние несколько дней находился высоко в горах и о том, что произошло в Челябинске, не слышал, – не растерялся Иванов. – При этом думаю, что ничего серьезного. Иначе я бы об этом обязательно знал». Практически все в России к тому времени уже знали о трагедии рядового Челябинского танкового училища Андрея Сычева, который, как позднее постановил суд, лишился обеих ног в результате издевательств со стороны «дедов». Военный прокурор Александр Савенков воспользовался этим громким случаем, чтобы развернуть кампанию против дедовщины и лично министра. Савенкова поддерживал его шеф – генпрокурор Владимир Устинов, родственник и друг Игоря Сечина.
Но у Иванова оказался очень влиятельный ангел-хранитель. Например, про «правую руку президента» Игоря Сечина в 2000 году Путин высказался так: «Он попросился со мной в Москву, и я его взял». В отношении Иванова были употреблены совсем другие слова – «чувство локтя».
После нескольких месяцев нервотрепки министр вышел из схватки победителем: в июне Владимир Путин снял генпрокурора Валентина Устинова, которого позже назначил министром юстиции, а Савенкову до сих пор не нашлось теплого места ни в одном ведомстве. А еще через несколько месяцев Иванова ждал еще один карьерный рывок – пост вице-премьера.