В тот же день, 27 октября (4 ноября) произошла капитуляция польского гарнизона. Принимал капитуляцию Кузьма Минин. Часть пленных во главе с полковником Струсем отдали Трубецкому, а остальных с полковником Будилой — второму ополчению. Казаки перебили большую часть доставшихся им поляков. Уцелевших поляков Пожарский и Трубецкой разослали по городам: в Нижний Новгород, Балахну, Галич, Ярославль и другие.
Поляки совершили столько зверств на русской земле, что властям малых городов не всегда удавалось защитить пленных от самосуда населения. Так, в городе Галиче толпа перебила всех пленных из роты Будилы. То же случилось с ротой Стравинского в Унже. Более удачно сложилась судьба роты Талафуса в Соли Галицкой — ее освободил отряд запорожских казаков, случайно забредший туда в поисках добычи.
Польских офицеров во главе с Будилой 15 декабря доставили в Нижний Новгород, где взяли под строгий караул. Позже Будила напишет, что местные власти решили их всех утопить в Волге, но вмешательство матери князя Пожарского спасло им жизнь.
Войдя в Кремль, ратники Пожарского и казаки Ляпунова ужаснулись. Все церкви были разграблены и загажены, почти все деревянные постройки разобраны на дрова и сожжены. В больших чанах нашли разделанные и засоленные человеческие трупы. Тем не менее, воеводы приказали отслужить обедню и молебен в Успенском соборе.
Сразу же после изгнания поляков начались очистка и восстановление Кремля и всей столицы. Трубецкой поселился в Кремле во дворце Годунова, а Пожарский — на Арбате в Воздвиженском монастыре. Кремлевские сидельцы бояре разъехались по своим вотчинам. Михаил Романов с матерью уехали в свою вотчину село Домнино Костромского уезда.
Король Сигизмунд в Вязьме узнал о капитуляции польских войск в Москве. Там королевские войска соединились с отрядами гетмана Хоткевича и вместе двинулись осаждать укрепленный городок Погорелое Городище. Местный воевода князь Юрий Шаховский на требование сдачи ответил королю: «Ступай к Москве. Будет Москва за тобою, и мы твои». Король послушался и пошел дальше.
Основные силы поляков осадили Волоколамск, а конный отряд пана Адама Жолкевского двинулся к Москве. Жолкевский дошел до села Ваганьково, где был атакован русскими. Поляки были разбиты и бежали. В бою поляки захватили смоленского дворянина Ивана Философова. Жолкевский велел допросить его и узнать, хотят ли по-прежнему москвичи королевича Владислава на царство, полнолюдна ли Москва и много ли там припасов? Философов ответил, что Москва «людна и хлебна», и все готовы помереть за православную веру, а королевича на царство брать не будут. То же самое дворянин сказал и самому Сигизмунду.