Однако долго оставаться в Михайлове Заруцкий побоялся и в конце декабря перешел в хорошо укрепленную крепость Епифань. Возможно, что это было как-то связано с болезнью царевича Ивана. В декабре до московских воевод дошел слух, что «воренок на Михайлове умер». В любом случае, Заруцкий сделал правильный ход.
2 апреля 1613 г. в Михайлове произошел переворот. Местные жители, натерпевшиеся от казаков, подняли восстание и частично перебили, а частично взяли под стражу казаков из гарнизона Заруцкого.
В Епифани наш атаман устроил подобную столицу и даже завел собственную канцелярию. Любопытно, что часть архива оной канцелярии была захвачена в 1616 г. вдалеке от Епифани — под Юрьевцем на Волге. Там был разгромлен отряд «черкас», то есть малороссийских или запорожских казаков. Среди пленных казаков оказался и родной брат Ивана Заруцкого Захария. У него-то и нашли «листы».
Московские власти не имели достаточных сил для захвата Епифани. По указу Пожарского из дворян казанского края был основан большой отряд, который двинулся к Епифани ловить «воренка». Однако, не дойдя до верховий Дона, казанцы остановились в Арзамасе, откуда в начале марта 1613 г., сославшись на нехватку припасов, вернулись в Казань.
Замечу, что Москва пыталась решить вопрос с Заруцким не только силовыми, но и дипломатическими методами. В марте 1613 г. Земской собор направил к Заруцкому в Епифань трех казаков «полка Трубецкова» — Василия Медведя, Тимофея Иванова и Богдана Твердикова — «з боярскими и з земскими грамоты». Этих казаков хорошо знал и сам Заруцкий, и его казаки еще по первому ополчению.
Посланцев Земского собора поначалу встретили в Епифани неласково — их дочиста ограбили и заперли под замок. Но позже Заруцкий сменил тактику и позволил посланцам вернуться в Москву, отправив с ними свои грамоты. Правда, награбленное так и не вернули, и в Москве бояре выдали посланцам компенсацию по десять рублей на брата. В грамотах Заруцкий просил, чтобы его царское величество, то есть Михаил, «на милость положил, вину его отдал, а он царскому величеству вину свою принесет и Марину приведет».
На казачьем круге в Епифани многие склонялись перейти на службу к царю Михаилу. Более двухсот дворян и казаков бежали от Заруцкого из Епифани, среди них были сапожковский воевода И. Толстой и атаман М. Мартинов. Оба впоследствии получили царское прощение. Видимо, в тот момент сам Заруцкий не знал, что делать и всерьез рассматривал вариант выдачи Марины московским властям. Толстой и Мартинов показали в Москве, что «Зарутцкий-де будто хочет итти в Кизылбаши, а Маринка-де с ним итти не хочет, а зовет его с собою в Литву». Понятно, что уход в Литву означал конец авантюры Заруцкого. В конце концов, атаман принимает решение воевать с Москвой до конца.