Марсельский конвой вышел в море под охраной двух фрегатов. 15-го суда его бросили якорь на тулонском рейде. Наполеон вступил на борт «Ориана» – 120-пушечного корабля. Это был один из лучших кораблей, обладавший всеми качествами, каких можно было пожелать. 18-го с оконечности Саблеттского мыса были замечены английские корабли. Это был легкий отряд Нельсона из трех кораблей. 19-го флот вышел в море. В ночь с 20-го на 21-е он обогнул Корсиканский мыс, причем попал в шторм. Генуэзский конвой присоединился назавтра, корсиканский – 26-го, на траверсе пролива Бонифачо. 2 июня с кораблей флота был замечен мыс Карбонара – оконечность Сардинии. Корвет, направленный в Кальяри, установил, что на кораблях легкого английского отряда под командованием Нельсона имелись повреждения, вследствие чего последнему пришлось стать на ремонт на сен-пьерском рейде. Адмирал хотел было атаковать его [7] там, но английский бриг, преследуемый посыльным судном «Корсир», был принужден выброситься на берег Сардинии. Экипаж был взят в плен. Он сообщил, что Нельсон ожидает прибытия из Англии десяти кораблей. Флот крейсировал в море три дня в ожидании конвоя из Чивита-Веккии, который не прибыл к первому условленному месту встречи. 4-го флот снова двинулся в путь, и с кораблей был замечен остров Маретимо. 5-го одно посылочное судно сходило на Сицилию и успокоило губернатора, который был очень встревожен. Один фрегат был направлен в Неаполь, один в Тунис, один в Триполи и один – к Мессине.
Эскадра двигалась в отличнейшем порядке, тремя колоннами; две состояли из четырех кораблей, а центральная – из пяти. Капитан 1-го ранга Декрэ был послан в дозор с легкой эскадрой, состоявшей из фрегатов и быстроходных корветов. Конвой, охраняемый двумя венецианскими 64-пушечными кораблями, четырьмя фрегатами и большим количеством мелких судов, со своей стороны высылал дозоры во всех направлениях. Он имел приказ в случае нападения на флот вражеской эскадры укрыться в дружественном порту.
По всем линейным кораблям были распределены отборные войска. Три раза в день они проводили артиллерийские учения. Наполеон командовал как сухопутными, так и военно-морскими силами. Ничего не делалось иначе, как по его приказу. Он направлял движение флота. Он часто жаловался на то, что линейные корабли держатся слишком далеко друг от друга, но никогда не вмешивался ни в какие детали, требовавшие знаний и опыта в морском деле. 3 июня на высоте мыса Карбонара адмирал Брюэйс представил ему на утверждение приказ, предусматривавший посылку четырех линейных кораблей и трех фрегатов навстречу конвою, вышедшему из Чивита-Веккии. Наполеон написал на полях: «Если через 24 часа после выделения этих кораблей будут замечены десять английских, у меня окажется только девять кораблей вместо тринадцати». Адмирал ничего не смог возразить.