Осенью того же года по путевке подпольного Владивостокского комитета партии Фадеев был направлен в Благовещенск для организации комсомола по линии Амурской железной дороги. Однако уже через месяц он вновь попал на фронт — в составе бригады, которой командовал его двоюродный брат Игорь Сибирцев; Фадеев воевал против атамана Семенова. Тогда же Фадеев некоторое время пробыл на посту комиссара 8-й Амурской отдельной стрелковой бригады и был избран на конференцию военкомов, политработников и коммунистов, которая состоялась в начале февраля 1921 года в Чите. На этой конференции Фадеева избрали делегатом на X Всероссийский съезд РКП(б).
Съезд открылся 8 марта, а накануне его открытия вспыхнул мятеж в Кронштадте. На его подавление была брошена 7-я армия под командованием М. Тухачевского, а вскоре к ней присоединилась и часть делегатов съезда. Во время этих боев Фадеев едва не погиб. Он получил тяжелое ранение и долго пролежал без всякой помощи на льду Финского залива, потеряв много крови. Но врачам в госпитале, куда его затем доставили, удалось спасти ему жизнь. (Стоит отметить, что участие Фадеева в этой военной операции будет отмечено орденом боевого Красного Знамени.)
В госпитале Фадеев пролежал несколько месяцев. Но времени даром не терял — прочитал гору всяких книг, начиная от произведений утопических социалистов и заканчивая Лениным и Блоком. Там же Фадеев влюбился в одну из медсестер, и хотя его чувство так и осталось неразделенным, в сердце будущего писателя оно оставило след на всю жизнь. Время, проведенное в госпитале, он всегда будет вспоминать как один из самых прекрасных периодов своей жизни.
После выздоровления Фадеева демобилизуют из Красной Армии и отправляют в Москву — работать инструктором Замоскворецкого райкома партии. В столице он живет на квартире своей хорошей знакомой Т. Головниной. Когда в сентябре 1921 года, оставаясь на партийной работе, он поступает в Московскую горную академию, ему предоставляют комнату в общежитии.
В стенах академии Фадеев довольно быстро сумел выбиться в лидеры, завоевал авторитет как среди преподавателей, так и среди студентов. Вскоре его выбирают в партийный комитет академии, посылают делегатом на VII Московскую губернскую конференцию. Однако, напряженно занимаясь в академии и ведя партработу, Фадеев тогда же делает первые попытки заняться литературным трудом — пишет свою первую повесть «Разлив», в которой описывает события 1917 года, происходившие в его родном селе Чугуевке. В 1922 году Фадеев вступает во Всероссийскую ассоциацию пролетарских писателей (ВАПП), а спустя год — в декабре 1923-го — в журнале «Молодая гвардия» (№ 9–10) появляется его рассказ «Против течения». С этой публикации и начинается литературная деятельность Фадеева.