После окончания университета Ахмеров поступил на работу в Наркомат иностранных дел и был командирован в город Термез, в полпредство СССР в Бухарской Республике. Однако вскоре эта республика вошла в состав Узбекистана, и Ахмеров был переведен на дипломатическую работу в Турцию в качестве секретаря Генконсульства СССР в Стамбуле. В 1928 году он назначается генеральным консулом в Стамбуле.
После возвращения в Москву в марте 1930 года Ахмеров зачисляется на работу в контрразведывательное подразделение ОПТУ в качестве оперативного работника и вскоре направляется в Бухару, где активно участвует в борьбе с басмачеством.
Через год Ахмеров переводится на работу в Иностранный отдел ОГЛУ и направляется на учебу в Институт красной профессуры. На факультете мирового хозяйства и мировой политики он совершенствует знания, необходимые для работы в разведке.
В январе 1933 года руководство ИНО приняло решение направить Ахмерова на работу в Китай по линии нелегальной разведки. В Пекин Исхак должен был выехать в качестве турецкого студента-востоковеда, легализоваться в стране и заняться приобретением источников, которые могли бы информировать внешнюю разведку об обстановке в стране и планах белогвардейцев и японцев в отношении СССР.
В Пекине «Юнг» (оперативный псевдоним разведчика) поступил в американский университет, где обучалась большая группа иностранных студентов. Вскоре он установил неплохие отношения с двумя студентами-европейцами. Один из них, англичанин, поддерживал контакты с посольством Великобритании и в беседах с его дипломатами получал полезную информацию о планах Японии в Китае. Ею на доверительной основе он делился с «турецким студентом». Другой студент, прибывший из Швеции, снабжал «Юнга» сведениями о деятельности японцев в Маньчжурии. Эта информация получала положительную оценку в Центре.
В конце 1934 года Ахмеров возвратился в Москву. Руководство разведки приняло решение направить его на нелегальную работу в США.
Прибыв в Нью-Йорк в 1935 году, «Юнг» поступил на учебу в Колумбийский университет. Помимо легализации, это было необходимо разведчику для совершенствования знаний английского языка.
Нелегальной резидентуре НКВД в США, в которую входил «Юнг», удалось создать эффективно действующий агентурный аппарат, от которого поступала важная информация не только об американской политике в отношении СССР, но и сведения о планах и намерениях стран оси Рим — Берлин — Токио, которые особенно высоко ценились в Москве. В июне 193 8 года руководитель нелегальной резидентуры был отозван в Москву. После его отъезда «Юнг» возглавил резидентуру и успешно руководил её работой.