При Иване Грозном во главе приказа стоял Иван Висковатый, тот самый, что, по словам пастора Веттермана, присутствовал при осмотре книг «великолепной либереи» московских великих князей. Он играл видную роль во внешней политике страны, участвовал почти во всех переговорах с послами, которые величали его «канцлером».
Этот образованный дьяк провел целое книжное изыскание по религиозной живописи. В его время псковские мастера реставрировали Благовещенский собор, пострадавший от пожара. Канцлеру показалось, что псковичи создают новые иконы без должной идейной выдержанности. Но он не сразу выдвинул этот вопрос на обсуждение. Предварительно Висковатый, чтобы подтвердить свои сомнения, стал изучать источники. Его личных книг, среди которых были произведения Дионисия Ареопага и Иоанна Златоуста, оказалось недостаточно, и он позаимствовал необходимое у московских бояр Морозова и Юрьева (о том, что у главы Посольского приказа были не только произведения церковных писателей, свидетельствует принадлежавший Висковатому «Травник» — медицинский справочник).
Блистал образованностью и дипломат Федор Карпов; он увлекался священным писанием и астрологией, хорошо знал античную литературу и философию, любил стихи Овидия и читал их в подлиннике, переписывался с Максимом Греком. В одном из «Слов…» Максим Грек называет Карпова «разумным», «многим разумом и православием украшенным», «честнейшим и премудрейшим Федором».
После Висковатого, казненного Иваном Грозным по подозрению в измене, приказ возглавил Андрей Щелканов, который также спускался в кремлевский тайник для осмотра великокняжеской библиотеки. По отзывам современников, он был необыкновенно проницательный, умный и работоспособный. Царь Борис Годунов, дивясь его трудолюбию, часто говорил о Щелканове: «Я никогда не слыхал о таком человеке, весь мир кажется для него тесен».
При Щелканове в Посольском приказе стала складываться справочная библиотека — ведь сотрудники такого важного учреждения постоянно нуждались во всевозможных справках о странах мира, обычаях народов, в словарях, картах и атласах. С сожалением надо признать, что от первых шагов по существу первой на Руси библиотеки иностранной литературы не осталось никакого следа. Лишь от конца XVI века сохранилась опись архива приказа. В ней, наряду с документами, перечислены рукописи «на розных языках»: «Летописец литовских князей», «Судебник», «Перевод с летописца польского», «Космография», а также «коробья новгородская» с какими-то «латинскими книгами» и «книги татарские». Однако книги эти в XVII веке пропали и больше не упоминаются.