С 8 февраля 1918 года на Украину стали прибывать революционны» части и заняли Киев. Лишившаяся власти Центральная рада подписала с немцами договор, согласно которому в середине февраля 23 немецкие дивизии начали наступление и захват Украины. Австро-венгерские войска также не остались в стороне. Легион УСС перешел Збруч и двигался походным порядкам на Правобережную Украину. В составе Легиона действовала агитационная сотня, но ее деятельность была скоро свернута в связи с «пробольшевистскими настроениями крестьянства».
Тем временем на сторону Русской армии перешел польский легион. Во избежание повторения аналогичного демарша со стороны военных формирований из числа национальных меньшинств монархии австрийское командование разоружило оставшиеся польские части и приготовило аналогичную участь Легиону УСС. На защиту легионеров встали украинские депутаты сейма в Вене и некоторые высшие армейские офицеры. Легион оставили в покое, назначив его командиром сына эрцгерцога Австро-Венгрии Вильгельма Габсбурга, получившего среди украинцев прозвище Василь Вышиванный за любовь к расшитым украинским сорочкам-вышиванкам.
Первые бои с советско-украинскими войсками усусусы вели под Херсоном. Сам город взяли без боя, затем пали Никополь и Александровск (ныне Запорожье). После установления немецкого контроля над Украиной Центральная рада была распущена, а формальная власть перешла к гетману Павлу Скоропадскому. В таких условиях Легиону УСС поручалось укреплять власть местных помещиков, участвуя в карательных акциях против селян. Офицеры и командиры украинского Легиона отказывались выполнять приказы австро-немецкого командования, за что Легион попал в опалу. Командир Легиона Василь Вышиванный был обвинен в том, что не сумел до конца подчинить Легион командованию и поддержать военной силой Скоропадского.
Результатом опалы стал приказ командования, отменивший формирование третьего батальона. В начале октября 1918 года украинские послы в Вене обратились к австрийским властям с просьбой перевести Легион во Львов, однако австрийцы отправили его «куда подальше» — на Буковину, где он и пребывал до 1 ноября 1918 года.
На этом этапе закончилась боевая четырехлетняя история украинского Легиона в составе Императорской австро-венгерской армии.
Более поздняя история украинских сечевых стрельцов связана с деятельностью бывшего офицера Австро-Венгерской армии Евгения Коновальца, создавшего галицийско-буковинские украинские отряды. Отряды сечевиков участвовали в боях с советскими частями под Киевом и в самой украинской столице. После поражения под Киевом галийско-буковинский курень отступил на Житомир, Коростень и Сарны. В марте 1918 года трехтысячный полк сечевых стрельцов вновь маршировал на Киев среди немецких колонн. Восстановленный немецкими штыками гетман П. Скоропадский предложил сечевикам перейти к нему на службу, но после отказа расположение легионеров было окружено немецкими частями, что вынудило усусусов сложить оружие.