В начале 1919 года в боях под Барановичами был ранен сабельным ударом в ногу и взят в плен белополяками. Яковом заинтересовалась польская контрразведка «Двуйка», и его переводят в вильненскую тюрьму «Лукишки». Тринадцать месяцев длилось заключение. Все это время Смушкевич вынашивал план побега. Весной 1920 года задуманное удалось осуществить: спрятавшись в прачечной среди бельевых корзин, он был вывезен с территории тюрьмы.
Вернувшись в расположение частей Красной Армии, был зачислен рядовым бойцом в 144-й стрелковый полк, входивший в бригаду под командованием героя Гражданской войны Яна Фабрициуса. В июле 1920 года, уже в качестве политрука роты, Смушкевич участвует во взятии Сморгонского укрепленного района. В бою за Пултуск заменил раненого комиссара полка. В августе 1920 года отступает вместе с частями Красной Армии под ударами польских войск. При переправе через реку Нарев комиссар Смушкевич вместе со своими бойцами прорвался через горящий мост.
После окончания Гражданской войны Яков Смушкевич участвует в ряде операций против бандитских шаек, свирепствовавших на территории Белоруссии. К лету 1921 года, в результате полученных ранее ранений и перенесенных лишений, стало сдавать здоровье. Пришлось ложиться в госпиталь. Полученный после лечения двухмесячный отпуск по болезни Яков Смушкевич решил использовать по-своему. Он становится помощником уездного уполномоченного ВЧК в городе Клинцы. Пригодился ранее полученный опыт борьбы против бандитизма. Местным товарищам понравился боевой и смышленый новый сотрудник, и в октябре 1921 года Смушкевичу продлили срок службы в органах еще на шесть месяцев.
В апреле 1922 года Я.В. Смушкевич был назначен помощником военкома 144-го полка 4-й стрелковой дивизии, который дислоцировался в местечке Пуховичи. В Игуменском уезде свирепствовала крупная банда атамана Березы. Она терроризировала местное население: отбирала скот и имущество, расправлялась с представителями советской власти. К тому же банда была неуловимой, все попытки ликвидировать ее заканчивались провалом. Я.В. Смушкевичу, который вскоре заменил военкома полка, потребовалось потратить немало сил и стараний, чтобы выследить и обезвредить бандитов.
В июне 1922 года ему стало известно о точном месте дислокации банды. Смушкевич отправляет сообщение об этом в полк, а сам устремляется за подмогой в Пуховичи к военному комиссару Конопадскому. Но двери военкомата оказались запертыми на большой замок. В волостном исполкоме также никого не было. Время катастрофически утекало. Бандиты в любой момент могли узнать о том, что их местонахождение определено, и исчезнуть. Яков нашел местных молодых парней, готовых выступить с ним против банды атамана Березы. Взломав двери военкомата, Смушкевич вооружает ребят винтовками. Когда прибыли красноармейцы, их встретил готовый к походу отряд самообороны. Вместе они отправились к расположенной в глухом лесу деревне Вигуровичи, где пряталась банда. Завязался длительный бой, в результате которого обе стороны понесли потери. Часть банды была уничтожена, другая сдалась в плен. Среди плененных оказался и... военком Конопадский, который в свое время неустанно требовал разгромить банду. На первом же допросе выяснилось, что именно он является атаманом Березой. Стало ясно, почему бандиты были столько времени неуловимы, и кто предупреждал их обо всех готовящихся операциях.